Tavaly nem sikerült eljutnom az Illumina előadásokkal egybekötött ingyenreklámjára. Idén - mivel az egyik üzletkötő a barátom - külön emlékeztettek rá, hogy itt a helyem. A konferencia maga nem volt kirívó, előbb vettem észre a dietetikusokat, akik szintén a Lurdy-házban tartották összejövetelüket. Sőt, akadtak, akik még a célegyenesben is rossz regisztrációs pulthoz mentek.
Termékismertető
Az előadó először megpróbálta a saját hangjával kitölteni a termet. Miután ez nem sikerült, a hallgatóság felhívta a figyelmét, hogy ott van mögötte a mikrofon. Innentől tudom, miről beszélt. Mutattak is egy remek videót:
Kedvenc jelenetem, mikor a farmer megmutatja a krumplit az okostelónak. Komolyra fordítva a szót: A kutatás mellett a preimplantációs genetikában, bűnfelderítésben, onkológiában akarnak kész megoldásokat nyújtani. A könyvtár készítés során az emberi hibákat akarják minimalizálni, ezért egy gépet dobnak piacra NeoPrep néven, ami ezt a folyamatot egyszerűsíti.
Sok kutatóintézet szeretne humán mintákat szekvenálni, de nincs pénzük HiSeq-re. Nekik készítették a HiSeq X Five szekvenálókat. Az előadó elmondása szerint ezek lebutított HiSeq 2500-asok. Egyes országok törvényei nem engedik meg, hogy az állampolgárok genomját külföldön szekvenálják, nekik lehet hasznos ez a gép.
Akinek mégis a flexibilitás a fontos, a HiSeq 3000/4000 lehet alternatíva. A genom mellett ezek a gépek transzkriptómmal is megbírkóznak. Az array technológia még nem akar kihalni, így a NextSeq a szekvenáló mellett egy array szkennert is tartalmaz.
A kémiát javították, amitől az még jobb lett. A nem-invazív prenatális tesztek segítségével meg lehet állapítani, hogy a születendő gyermek hordoz-e genetikai betegséget. Erre is mutattak különböző megoldásokat. Voltak PCR mentes módszerek is, hogy ezzel is növeljék a pontosságot.
Bioinformatika vonalon továbbra is a BaseSpace-t erőltetik. Azon megrendelők, akik ódzkodnak a felhőtől, kapnak privát felhőt, ami egy sarokba állított szerver.
Drosophila mRNS szekvenálás
A Drosophilat MiSeq-el szekvenálták, ami új transzkriptóm összerakáshoz nem biztosít elég lefedettséget, de expressziós vizsgálatokhoz elegendő. A könyvtár készítés során nem szál-specifikus metódusokat használnak, hogy ezzel is csökkentsék a költségeket. Négy egyedet szekvenálnak egyszerre, ami egyedenként 5-6 millió readet jelent. A gépet igyekeznek maximálisan tuningolni, hogy az elméleti 25 helyett 30 millió read jöjjön le. Az előadó elmondása szerint a BaseSpace az ő esetükben nem használható, mert ott csak humán, egér, patkány referencia szekvenciák vannak. Kénytelenek voltak a Tuxedo-t használni.
De-novo baktérium szekvenálás
Az előadásban elsősorban azt mutatták meg, hogy miként lehet úgy előkészíteni a mintákat, hogy a bioinformatikusok munkáját megkönnyítsék. Például már a DNS törés is jelentősen befolyásolja a keletkező scaffoldok számát, ezért az enzimatikus darabolást részesítik előnyben. A nagy szekvenálási mélység ugyan csak felesleges, csupán a költségeket növeli.
A scaffoldokat saját fejlesztésű hézag pótló algoritmussal kapcsolják össze. A módszer lényege, hogy azokkal a párosított readekkel, amelyeknél a pár tagjai két különböző scaffoldra mennek, mini denovot csinálnak és egy iteratív módszerrel építik tovább-
Bioinformatics Data Processing
Ez az előadás szerintem egyetlen bioinformatikusnak sem mondott semmi újat, az érdeklődőknek pedig nem volt eléggé informatív. Olyan kijelentések voltak, mint például: az illesztéshez többféle algoritmust is használhatunk. Ennyi. Legalább felsorolhatott volna néhányat, hogy valaki, aki most ismerkedik a témával, utána tudjon nézni. Viszont megtudtuk, hogy az Illumina gyári feldolgozó programjai hiányosak, érdemesebb helyettük saját magunknak összeállítani a feldolgozó alkalmazásokat. De ez szerintem nem újdonság senkinek. (Esetleg az Illuminás marketingeseknek)
NeoPrep bevezető
Ebben az előadásban a könyvtár készítés automatizálását mutatták be. A készülék kevés paraméter beállítása mellett teljes genom vagy stranded RNA-seq könyvtárakat készít. A készülék cseppeket alakít ki a beadott mintákból, amelyeket elektródák segítségével vándoroltatnak. A cseppek ütközését cellák akadályozzák. A hozzáadandó anyagok helyét kártyákkal jelölik. Bemutató videó:
Whole genome sequencing and amplicon sequencing
A kutatók a költéshatékonyság érdekében felrúgják a gyártó által előírtakat. Ez volt a mottója ennek az előadásnak. Bemutatták, hogy a MiSeq-el a fágok szekvenálása mellett meg lehet próbálni gerinceseket is szekvenálni. Igaz, nem humán genomot próbáltak, de az anyai vérből izolálható cirkuláris DNS-ek kromoszóma szintű rendellenességei kimutathatóak. Az áteresztő képesség SNP szintű azonosítást nem tesz lehetővé és még a módszer is túl drága, de szeretnék, ha a jövőben a megfelelő fejlesztések után ez egy standard eljárás lenne. Léteznek különböző gén panelek is bizonyos szimptómák szűrésére, amelyeket megfelelő target eljárásokkal tovább lehet fejleszteni. A 16S rRNS szekvenálásokkal metagenomikai vizsgálatok is végezhetőek. Az előadás végére felvetítették, hogy mitokondriális és macska genom szekvenálásokat is végeznek.
Az Illumina MiSeq onkológiai alkalmazása
Az Országos Onkológiai Intézet előadásában megtudhattuk, hogy a korábbi Sanger alapú szekvenálást váltották ki NGS-el, ami pontosság terén már eléri az intézet számára szükséges színvonalat. A multiplexelésnek köszönhetően a költségeket le tudták csökkenteni, de a bioinformatikai elemzést nem lehet megkerülni. Az Illumina saját reportoló alkalmazása használhatatlan, mert 6-10 hosszúságú indeleket elvesztenek. További példákat is bemutattak, amikor az alapértelmezett beállítások hatására információ veszett el. A BaseSpace sem jelent megoldást, mert az ott fellelhető programok vagy elvaultak vagy nem teszik lehetővé a paraméterek módosítását. Sokkal jobb a saját munkafolyamatok felállítása, ahol a megfelelő alkalmazások találhatóak meg.
Illumina kits for NGS library preparation
Amilyen semmitmondó volt a bioinformatikai előadás, annyira telefonkönyv szerű volt ez. A könyvtár készítés két nagy csoportba osztható. Az egyik a Nextera, ahol a DNS hasítást enzim végzi, a másik a TruSeq alapú, ami mechanikus töréssel darabolja a DNS-t és PCR mentes. Ennek a két fajta eljárásnak létezik rengeteg fajtája, amit szükségtelennek tartok itt leírni, de amit az előadó mind felsorolt.
Van külön rák vizsgálatra is panel, de ha nem tetszik a célgének összeállítása, saját panel összeállítására is van lehetőség. Külön kitek vannak alacsony koncentrációjú minták kezelésére is. Metagenomikára a korábban is említett 16S rRNS-t célzó kitet javasolják. Az örökletes betegségek szürésére szintén vannak megoldások. Az RNA-Seq alapú kitek egész kis családot alkotnak a sokféle kondíciók lefedésére. A végére csak említés szintjén szóltak az igazságügyi eljárásokban alkalmazható kitekről.
Új generációs szekvenálási szolgáltatások a Debreceni Egyetemen
Ebben az előadásban megismerhettük, hogy milyen szolgáltatásokat nyújtanak a Debreceni Egyetemen vagy annak spin-off cégén az UDGenomeden. A Chip-Seq nagyüzemben megy, a genom szekvenálásban és RNS-Seq-ben már rutinjuk van. A jövőben szeretnének a metagenomika felé nyitni. Saját rák paneljük is van. Minden egyes szekvenálás mellé kérhető bioinformatikai elemzés is.
