Egyszer volt, hol nem volt, valahol a CRT monitorok idején, de még a tapicskolós mobiltelefonok megjelenése előtt, a Napster fénykorában, volt egy zenelejátszó program, a WinAmp. Manapság, amikor gigabájtos tárak csücsülnek a zsebünkben, megmosolyogtató, hogy számítógépen tároltuk a zenéket, sőt még ott is játszottuk le őket (a prolik még CD-re is kiírták!), de nem volt más választásunk.

A WinAmp nagyszerű kis program volt, népszerűségben a Total Commanderrel (akkoriban Win Commander) vetekedett. Aztán történt valami rettenetes. Felütötte a fejét a túlprogramozás. A funkciók úgy potyogtak a kis szoftverbe, mint esőcseppek zápor idején. Kettőt pislogott a felhasználó és a program már filmeket is lejátszott, a külalak testre szabása pedig fontosabbá vált, mint maga a funkció. Az eszköz megszűnt az lenni, ami a célja volt és amiért szerették.

Ugyan ezt veszem észre az SRA Toolkit-el kapcsolatban is. A tárhely éhség csillapítására tömörítéseket vezettek be az NCBI-nál és elkészítették a kicsomagoló alkalmazást is. Kezdetben csak a Fastq konverzió volt a feladata, de mostanra egy felhő alapú, eloszott rendszer lett, ami a legegyszerűbb funkcióját is nyakatekert módon hajtja végre. A dokumentáció szerint a letöltött 180 MB nem müködöképes, szükséges hozzá a szerveren tárolt másik kódrészlet. Az, hogy milyen porton kommunikál, hogy esetleg megoldjuk a lehetséges hálózati problémákat, nem derül ki. A hibaüzenetek kriptikusak, nem szólnak semmit az aktuális problémáról, csak a virtuális adatbázis bejegyzésekről, amit valami hálózati alrendszeren keresztül akar végrehajtani. Ilyen szöveget manager meetingen mondanak, nem hibaüzenetekben.

A neten a legelterjedtebb megoldási forma: ne használd a programot, töltsd le a fastq-t az ENA-ról. Nekem nem volt szerencsém, a kérdéses szekvencia nem volt elérhető az említett formátumban. Kénytelen voltam megküzdeni az alkalmazással.

Habár elméletileg elég a szekvencia azonosítóját használni (az sra kiterjesztés nélkül megadott nevet azonosítónak tekinti a program és megpróbálja letölteni azt a szerverről), a gyakorlatban úgy tűnik a fastq-dump az egyetlen, amiből ez a funkció kimaradt. Miután letöltöttem mindent, folyamatosan időtúllépésre panaszkodott, mintha le akarna valamit tölteni. De ha már úgyis le akar valamit tölteni, letölthetné a szekvenciát is, nem? Mindegy, nem kell értelmet keresni egy túlprogramozott szoftverben.

Valami megmagyarázhatatlan csoda folytán a laptopomon működött minden. Csupán tárhely nem volt a szekvenciáknak. Ezért sshfs-el felcsatoltam a számítógép farm egyik gépét, majd oda mentettem mindent.

Később egy kolléga az NCBI embereit is bevonva kiderítette, hogy be kellett volna állítani a proxyt a vdb-config paranccsal. Csak azt nem értettem, máshol (git, wget, R, pip) miért nem kellett ilyesmit beállítani? Azok miért működnek nélküle? Bocsánat, megint értelmet keresek egy túlprogramozott szoftverben.