Először is le kell fektetnünk, mit értünk szokatlan programozási e nyelvnek, hiszen az itt bemutatott nyelvek évek óta léteznek, ismertek. Lehet, hogy a ritka programozási nyelvek megfelelőbb cím lett volna.
Ami miatt mégis ezt a címet választottam, az a tény, hogy a tudományban is vannak divatok. Egy időben mindenki Perlben írta az aktuális okosságot, manapság inkább Python a menő. A C és C++ jelenlét konstansnak tekinthető, mert az elemzések gerincét végző programokat ebben írták, írják. Emellett előfordul az R és a Java. Előbbi a Bioconductor miatt, utóbbi platform függetlensége miatt. (Vagy mert a fejlesztők még abból az időből származnak, amikor a Java még menő volt.)
Azonban a nyelvek skálája szélesedett. Már nem csak olyan nyelvek vannak, amelyek a C-t, vagy a Java-t majmolják. Vannak olyan nyelvek is, amelyek új kihívásokra keresik a megoldást. (Eközben többen a Pythont majmolják, de ez már más kérdés.)
Vegyük például a Rust-ot, ami a biztonságos kódot tűzi zászlajára. Ez egy olyan cél, ami a bioinformatikában - ahol a kódminőség hagy némi kivetnivalót maga után - tényleg hasznos lehet. Az egyik programmal a BaseSpace-ről lehet letölteni adatokat, a másikkal a FastQ fájljainkat ellenőrizhetjük. De a 10x Genomics genom összerakó programjának, a Supernovanak is van egy Rustban írt része. Az egy sejtes genotípizáló eszközüknek a Vartrixnek viszont már sokkal nagyobb részét fejlesztették ebben a nyelvben.
A másik terület, ami a kódbiztonság mellett igen fontos a bioinformatikában, a többszálú feladatvégrehajtás. A Go nyelv pontosan ezt célozza meg. Nem meglepő, hogy létrejött a BioGO. A 10x Genomics ezen a nyelven is fejleszt, például a Lariat illesztőjüket. Rajtuk kívül a Grail nevű, korai tumor diagnosztikával foglalkozó cég használja előszeretettel a nyelvet, elsősorban a felhős infrastruktúra felügyeletére.
A harmadik bemutatott nyelv a Nim, amit Brent Pedersen használ előszeretettel. (Félelmetes programozó, érdemes követni a munkásságát) Ha egy mondattal szeretném bemutatni, akkor azt mondanám, olyan Python, ami natív kódot eredményez. A fordító érdekessége, hogy képes JavaScriptre is fordítani, amivel a webre költözést oldhatja meg egyszerűen a fejlesztő.
Heng Li pedig több nyelvet is összehasonlított, hogy melyik felel meg legjobban a következő projektjéhez. A fenti nyelvek mellett Crystalban is írt programot. Ezen kívül nem tudok más bioinformatikai projektet, amit ezzel a nyelvvel fejlesztettek volna.
Nem muszály és nem is érdemes egy nyelvnél leragadni, ha genomi adatokat akarunk feldolgozni. Itt is van fejlődés, még ha ez nem is olyan látványos, mint egy startup cégnél.
