Jobb ha van, de ha nincs, akár egy cikk is születhet belőle. Pontosan ez történt ugyanis a legújabb publikációnknál. A búza mikroRNS szekvenáláshoz a könyvtár előkészítést egy PhD hallgatónak kellett volna csinálni, de az egyik szenior kutató úgy gondolta, bölcsebb, ha nem tesz fel mindent egy lapra és a szekvenálás sikerét nem egy olyan emberre bízza, akinek ez az első ilyen munkája.
Ezért a két párhuzamos könyvtár előkészítés történt. Az egyiket a PhD hallgató végezte, a másikat a szekvenáló cég. Mikor meghaptam a szekvenciákat, rögtön láttam, hogy a két jól elhatárolható csoportra bonthatóak, de akkor még nem tudtam semmit az előkészítésről.
Közben történt még egy kis malőr a szekvenálás körül és néhány mintát újra kellett futtatni. Itt akaratomon kívül hozzájárultam a szekvenáló cég hatékonyabb működéséhez. Ugyan is az volt a szokás, hogy a szekvenciák a szerver egy bizonyos könyvtárában gyűltek, majd minden féle minőség ellenőrzés után egy FTP-n elérhetővé tették a megrendelőknek. Nekem viszont a volt főmököm révén volt hozzáférésem a szerverhez. Mivel az intézet szinte valamenyi szekvenálásának elemzésébe ilyen-olyan módon belefolytam, nem bajlódtam azzal, hogy elkérem minden kutató felhasználó nevét és jelszavát, majd a roppant lassú FTP-n keresztül letöltöttem az adatokat, hanem feltérképeztem a szerver tárhelyét és SCP-vel lehúztam, ami kellett.
Akkor kezdődött a bibi, amikor megkértek, töltsem le a búza kisRNS szekvenálásokat, mert már elkészültek. Én szépen le is szedtem, még mielőtt a cég hivatalosan értesített volna minket. Csináltam egy gyors ellenőrzést, találtam néhány hibás könyvtárat és jeleztem felfelé. Aztán a kutatók jelezték a cég felé, hogy gond van. Gondolom ők meg pislogtak nagyokat, hogy mi ezt honnan tudjuk?
Miután szépen elmeséltem nekik a munkamódszeremet, akkor megkaptam a magamét. Elmondtak minden féle etikátlan barbának, aki aláássa a céget, szabotálja a szolgáltatást, stb. Egy órán belül rendes csoport jogosultságokat állítottak be, ahogy annak lennie kell. Mivel akkor még a főnököm is rendszergazda volt azon a szerveren, két nappal később már megint tagja voltam az összes csoportnak, ami ahhoz kellett, hogy normálisan tudjam végezni a munkámat.
Visszatérve a könyvtár előkészítésre: a különbség olyan feltűnő volt, hogy egy kicsit utána néztünk, mi lehet a hátterében. Kiderült, hogy a két alkalmazott módszer nem volt teljesen egyforma. Míg a PhD hallgató az agarból a kisRNS mérettartománynak megfelelő részt kivágta és azzal dolgozott tovább, addig a szekvenáló cégnél totál RNS-t használtak.
Elméletileg nem kellene, hogy nagy különbség legyen, de mégis volt. Végül úgy döntöttünk, hogy ez egy elég érdekes összehasonlítás, az irodalomban senki nem csinált ehhez hasonlót, a publikáció meg mindig jól jön.
Talán nem ez lesz a legimpozánsabb cikkem, de ezt a projektet nagyon szerettem, mert teljesen olyan volt, ahogy a nagy könyvben meg van írva. Elindultunk az elején, összeszedtük az adatokat, majd levontuk a következtetéseket. Nem voltak hatalmas hurkok, zsákutcák. Minden a helyén volt.
