Ismét hosszú várakozás előzte meg ennek a cikknek a megjelenését. Az egész úgy kezdődött, hogy még a Sangerben megkértek, hogy egy PhD hallgatónak segítsek az RNA-seq feldolgozásban. Természetesen a csoportomnak nyújtott támogatás mellett, amolyan extra munkaként. Mivel volt még szabad kapacitásom, belementem.
A hallgató az Egyesült Államokból érkezett, túl volt az orvos képzésen. Rendkívül szerény volt. Az első differenciál expressziós vizsgálatokat én csináltam, majd ő a minden lépést megismételt. R-ben dolgoztunk, még csak akkor ismerkedett a nyelvvel, minden féle programozói előképzettség nélkül, de a kódjai szépek és áttekinthetőek voltak.
RStudióban írt mindent, Markdown-al. Én úgy érzem, jegyzőkönyvként soha nem lehet elég szöveget írni (amire természetesen mindig utólag jövünk rá), de azt hiszem ő elég közel volt hozzá, hogy rácáfoljon erre. Mondta, hogy nagyon fél, hogy a vizsgálat végére nem fog emlékezni a kezdeti lépésekre.
Annyira felfejlődött R-ben, hogy még Patrick-ot is képes volt elcsábítani az Exceltől, ami igen csak nagy szó. Patrick ugyanis mindent Excelben csinált, még azt is, amit lehetetlen Excelben megcsinálni. Egy anekdota szerint rajzolt egy fehérje-fehérje interakciós térképet az említett programban. Egész éjjel fent volt és egérrel húzogatott minden egyes csomópontot, hogy egyenlő távolságra legyenek egymástól. (Kb. 2 perc lett volna Cytoscape-el).
Az előzetes ábrák, amiket készített, már cikk minőségűek voltak. Ehhez mondjuk a szerencsés téma is hozzájárult. Legtöbbször kell egy kicsit játszani az ábrákkal, hogy amit be szeretnénk mutatni, az kellően egyértelmű legyen. Itt nem volt rá szükség. Kérdeztem tőle, hogy alkamazott-e bármilyen skálázást, de nemmel felelt.
Később is gyakra visszajött és kérte, hogy nézzem át a kódot, mit írt, nem találok-e valami furcsát, de soha semmi probléma nem volt velük. Sőt, ahogy egyre jobban haladt a PhD-s bioinformatika kurzusokkal, a vége felé én tanultam a kódjából és nekem kellett kérdezgetni, hogy az egyes részeknek mi a feladata. Ő készségesen megmutatott mindent, nem éreztette velem, hogy egy hülye vagyok.
Mert az az igazság, hogy elég hamar túllépett rajtam. A cikk több szekvenálási technikát is felhasznált, amit különböző emberek vizsgáltak, de ő igyekezett mindegyik módszerben elég kompetenciát összeszedni, hogy átlássa a teljes vizsgálatot.
Fantasztikus dolgozni ilyen emberekkel, még akkor is, ha közben csúszó-mászónak érezzük magunkat mellettük. Csak annyit mondhatok, örülnék, ha ilyen lányom lenne.
