Az élet kódjai

Kapitány Kristóf: Objektum struktúra nagyfelbontású röntgenfelvételekből

Gyantába ágyazott agymintákat szeleteltek vékony rétegekre. Megfestették a vérereket, majd az egyes rétegekből megpróbálták rekonstruálni az érhálózatot 3D-ben. A kihívás többek között a zaj szűrése, mert az erek denz pöttyökként jelennek meg. Ha a metszés síkja nem merőleges az érre, akkor ellipsziseket kapnak. A fejlesztők Matlabot és ImageJ-t használtak a munkához.

Cserző Miklós: Bioinformatika oktatás a Semmelweis Egyetemen

Az orvostanhallgatók heti két előadás keretében ismerkednek a bioinformatikával. Az oktatás webes forrásokra és szolgáltatásokra támaszkodik, valamint szóbeli vizsgával zárul. Az oktatás filozófiája, hogy a bioinformatikát nem specialisták, hanem a biológusok fogják művelni. Ennek megfelelően az adatbázisokkal és algoritmusokkal csak érintőlegesen foglalkoznak, a cél, hogy a programok által adott eredményeket értelmezni tudják. Nincs programozás, nincs Unix/Linux parancssor. A webes források közül csak azokat ismertetik, amelyek valószínűleg 10 év múlva is létezni fognak, mint például EnsEMBL, BioMart. Eszközök közül Blast, FastA, HMMER, eTBlast használatát tanulják meg. Említés szintjén megismerik a különféle bioinformatikai modelleket, alapvető megközelítési módszereket (neurális háló, rejtett Markov lánc). Hallanak a nagy áteresztőképességű technikákról, rendszerbiológiáról, molekula modellezésről.

Gellért Ákos: Az uborka mozaik vírus 2b fehérje C terminális domén szerkezeti stabilizálásához kétértékű fémion koordináció szükséges

Az uborka mozaik vírus ellen jelenleg nincs védekezés. A fertőzésben a levéltetvek játszanak fontos szerepet. Az előadás arról szólt, hogy különféle fehérje elemző programok segítségével, hogyan lehet megtalálni a megoldást. A modellező programok szerint a fehérje vége rendezetlen lesz. A domén predikció szerint ugyanakkor a vég fémion kötő helynek tűnt. A modellhez ezután kétértékű fémionokat adva a szerkezet stabilizálódott. A legvalószínűbbnek a Mg ion tűnt, de más két értékű ionok is stabilizálnak. A kísérletek azt mutatták, hogy ha mutálják a fehérje végét, a fertőzés lelassul, de a fertőzést nem akadályozza meg.

Szabó Emese: Hazai elit szőlő ültetvények vírusfertőzöttségének felmérése új generációs szekvenálással

A szőlők vírusfertőzése ellen jelenleg nincs hatákony módszer, ezért a megelőzés szerepe fontos. Az előadásban bemutatott módszer kis RNS-ek izolálásán, szekvenálásán és bioinformatikai feldolgozásán alapul. Az RNS szekvenciákat BWA-val illesztik az NCBI-on és DPV-n alapuló adatbázisra. A találatok lefedettségét BEDTools segítségével határozzák meg. Említettek még egy pfor.pl nevű scriptet is, amivel a ciruláris kontigokat szűrik ki. A jelenleg használt módszereknél érzékenysége jobb és metagenomikai elemzésre is alkalmazható lehet.

Molnár János: Mangalica-specifikus molekuláris markerek keresése második generációs genomszekvenálási technológiák és bioinformatikai módszerek alkalmazásával

A mangalica szerepe megnőtt a hazai sertés tenyésztésben. A mangalica tartás költségesebb, húsa drágább, ezért igyeneznek hamisítani. Mangalica specifikus markerek segítségével elő lehet állítani egy olyan eljárást, amellyel megállapítható, hogy egy húskészítmény mangalicából készült-e vagy nem. Először egy biobankot állítottak fel, majd módszeresen elkezték azok szekvenálását. Használtak 454-et, Solidot és Illumina HiSeq 2000-et is. A munkát nehezítette, hogy a sertés referencia genom rosszabb, mint az emberi. A bioinformatikai munkához elterjedt eszközöket használtak, mint BWA, SamTools, Annovar. Ez utóbbi egy annotációs program. A mitokondriális DNS segítségével nem találtak használható markereket. A GO analízis során azt vették észre, hogy a legtöbb variáció a zsíranyagcseréhez és a szagláshoz köthető génekben fordul elő.

Cserző Miklós: Kis, nem kódoló RNS-ek

Miklós második előadásában két oldalról közelített meg valamit. Pontosan nem tudni, hogy mit. Először olyan ritka DNS motívumokat keresett, amelyek két ugyan olyan szekvenciából álltak (fej-farok szerkezet), közöttük változó hosszúságú (0-52 nukleotid) "távtartókkal". Csúszó ablakos módszerrel a genomon végighaladtak, majd a várható értéknél alacsonyabb előfordulási aránnyal rendelkező motivumokat összegyűjtötték. Ezeket a ritka mintázatokat spanionoknak nevezték el. Egér és ember szekvenciákat vizsgálva azt tapasztalták, hogy a spanion klaszterek (nem a szekvenciák!) 75%-ban átfednek. A transzkripciós starthely közelében a spanion klaszterek száma magasabb.

A másik megközelítés a tiRNS-ek laboratóriumi vizsgálata volt. Ezen struktúrák szerepe nem ismert, de a spanionok és a tiRNS-ek között átfedés van, ami nem tűnik túl erősnek, de a véletlennél nagyobb. Az eredmények nem tiszták, annyi biztos, hogy nem a siRNS útvonalon hatnak. Ez az előadás kavarta a legnagyobb vihart a seregszemlén. Miklós szerint valami nagy áttörésre lehet számítani, de mások szerint csak műtermék, amit lát.

Korcsmáros Tamás: Jelátviteli és szabályozási hálózatok – adatbázis és elemzés

A jelátviteli útvonalak rokon fajokban hasonlóak, mégis találunk különbségeket. Kevés útvonal típus van, ezek között úgynevezett keresztbeszélgetések vannak. A  Sigma Link adatbázis 3 élőlény 8 útvonalát tartalmazza. Az útvonalak összevetése során irányított kapcsolatokat kerestek. Az adatbázist a szakirodalom alapján kézzel frissítik, beépítették a kis RNS útvonalakat, transzkripciós és posztranszlációs szabályozásokat. Az adatbázis segítségével megválaszolhatjuk, milyen szabályozás alá esnek bizonyos gének, fehérje interakciós kapcsolatokat deríthetünk fel, keresztbeszélgetéseket azonosíthatunk transzlációs és poszttranszlációs szinten. Talán potenciális gyógyszercélpontokat is lehet találni a szolgáltatás segítségével.

Bruck József: Networks and Kinetics - Approaches to understanding Metabolic Pathways

Ez az előadás félig magyarul, félig angolul hangzott el. Az előadó mikrofon segítségével sem tudott olyan hangosan beszélni, hogy mindent érteni lehessen. Valami gráfokon alapuló modellt állított fel, reakciókinetikát számolt, de mikor egy ábrán a kísérletes, transzkripciós szabályozással kapcsoatos adatokkal próbálta összevetni a modell eredményeit, akkor alig volt átfedés közöttük. Erre az volt az előadó következtetése, hogy a transzkripció zavaros, és egyáltalán nem meglepő, hogy nincs átfedése azzal.

Az utolsó két előadáson nem voltam ott.