Mi az UEA?
A mikroRNS-ek feldolgozásához a Kelet Angliai Egyetem néhány munkatársa készített egy programot UEA Small RNA Workbench néven. Az ötlet maga igen egyszerű. Fogták a jól ismert parancssoros feldolgozó programokat és összegyúrták egy klikkelős alkalmazássá. Nézzük, hogyan teljesít!
A posztban a 2.5.0 verziót vesézem ki. Mivel keresztplatformos alkalmazásról van szó, Java-ban programozták. Alapvetően négy műveletet hajthatunk végre: előfeldolgozás, kis RNS profil felállítása mirBase alapján, potenciális új kis RNS-ek felderítése, kis RNS szekvencia illesztés genomra, ta-si előrejelzés, degradom analízis. Ha valaki továbbra is a parancssort részesíti előnybe, meghívhatja az eszközöket közvetlenül is.
Előfeldolgozás
A kis RNS-ek szekvenálásánál az egyik probléma, hogy maguk a szekvenciák rövidebbek, mint a readek. Ebből adódóan az adaptorok szinte minden szekvenciában megtalálhatóak, eltávolításuk létfontosságú. Az UEA képes eltávolítani ezeket a szekvenciákat, de csak akkor, ha a szekvencia végén helyezkednek el. Szemben a parancssoros cutadapt programmal, ami akkor is sikeresen eltávolítja az adaptor szekvenciákat, ha nem pontosan a végeken helyezkednek el. Ebből adódóan több próbálkozás után végül elvetettem a használatát.
Az előfeldolgozási lépések egy menetben elérhetőek például a mirCat eszközben is. Sajnos egy hiba miatt ezek nem érhetőek el, mert meg nem változtatható módon egy ablakba beírja a trimmelés utáni fájl nevét, miközben a további lépések csak egy könyvtár nevét várják azon a helyen. Az előfeldolgozást ezért a cutadaptra bíztam.
Ismert kis RNS profilozás
A program automatikusan letölti a kis RNS adatbázist, ami kényelmes megoldás. Ha a vizsgálatok során adott verziószámmal szeretnénk csak dolgozni, azt is megtehetjük, mert külön könyvtárban tárolja az egyes verziókat, mi csak a verziószámra kell, hogy hivatkozzunk.
A program több szekvenálást is beolvas. Megszámolja melyik kis RNS-re illik a legtöbb szekvencia, ellenőrzi, hogy az adott szekvencia megtalálható-e a genomon, normalizál, majd csoportosítja a találatokat a felhasználói beállításoknak megfelelően. Ez egy elég kényelmes funkció. Sajnos a megvalósítása már kevésbé az. Az eszköz képernyője és a beállítások két külön ablakban vannak és a kapcsolat közöttük elég kényes. A paraméterek frissítése és az eszköz beállításának sorrendje ha megváltozik, furcsa hibaüzeneteket kapunk.
Az eredmény CSV, de a csoportosítástól függően eltér a szabványtól. Ha R-be vagy egyéb programba akarjuk beolvasni, nem árt, ha írunk egy scriptet, ami szabványos formátumra hozza. (Excel formátumba is lehet exportálni adatokat, de értelem szerűen az nem próbáltam) Ettől függetlenül teszi a dolgát.
A GUI-ban apró kényelmetlenségek vannak, mint például a mismatch értéket csak úgy tudjuk átírni, ha kijelöljük a szöveget és átírjuk. A del és backspace gombok nem működnek. (Ez okozott némi fejfájást, mire rájöttem). Másik kellemetlen probléma, hogy ha elmentjük a paramétereket, az RNS csoport beállítást "elfelejti" elmenteni.
Új kis RNS felfedezés
Ehhez a területhez nem értek kellőképp, ezért nem tudom megítélni, hogy az algoritmus megfelelően teljesít-e. A használata viszont rendkívül egyszerű. A szekvenciák és a genom alapján felderíti a potenciális kis RNS pozíciókat, majd különböző modellek alapján megállapítja, hogy létezhet-e kis RNS. Ha igen, visszaadja az eredményeket.
A programot nem sikerült úgy futtatnom, hogy ne dobált volna kivételeket, de az eredményeket leellenőrizve nem találtam hibát. A készítők beledrótozták, hogy egyből levágja az adaptorokat és szűrjön, de a gyakorlatban az egyik paraméter hibásan kerül tárolásra, majd felszólít a program, hogy változtassak meg egy nem szerkeszthető szövegbeviteli mezőt. Mivel az adaptor eltávolítás egyéblént sem működik valami jól, ez nem nagy probléma.
Elméletileg a prediktált új kis RNS-ekket képes térben is megjeleníteni, de a gyakorlatban ez soha nem működött nálam. A stem-loop szerkezeteket sem sikerült minden alkalommal kirajzolnia, de ezzel nem időztem annyit, hogy meg tudjam mondani, mi lehet a hiba.
Parancssor
Szerencsére parancssorból is meg lehet hívni, ezért több adaton is lefuttathatjuk shell szkriptek segítségével. A paramétereket egy fájlban várja, de annak tartalma nincs sehol ledokumentálva. Az olvasóim bizonyára kitalálták már, hogy a grafikus felületen elmentett paraméter fájlt lehet felhasználni. Ha ezzel tisztában vagyunk, máris futtathatjuk éjszakánként a programot.
Összegzés
A programcsomag hiánypótló a maga nemében. Igyekszik összeszedni minden lényeges kis RNS-ekkel kapcsolatos feladatot, hogy egyszerű, áttekinthető formában hajthassuk végre az elemzésünket. Sajnos a program még nem áll abban a fázisban, hogy a számítógépektől idegenkedő, Word-ön és Excellen nevelkedett emberek is használják, de jó úton van felé. Ha a forráskódot megnyitnák a nagyközönség előtt, én biztosan segítenék eltűntetni néhány kivételt. Hibajelentést amatőr módon a honlapjukon a hozzászólások közé lehet beszúrni.
