Egyik korábbi posztom kicsit félrevezető lehet. Ott azt sugalltam, hogy de-novo szekvencia összeszerelés esetén elég egyetlen programnak megadni a szekvencia darabokat, és az megcsinál mindent, végezetül megkapjuk az összes kromoszóma teljes nukleotid sorrendjét.
A helyzet az, hogy ilyen a legritkább esetben fordul elő. Úgy is mondhatnám, én még nem találkoztam ilyennel. A legtöbb esetben több ezer hosszabb-rövidebb szekvenciát kapunk, nem ritkán N-ekkel tarkítva. Szerencsére vannak programok, melyek segítenek a további feldolgozásban.
GAPFiller
A GAPFiller, mint neve is mutatja, nem csinál mást, mint a scaffoldokban található N-eket tünteti el. A program több lépésben readeket pakol a szekvenciákra és próbálja befoltozni a lyukakat. A párosított readek távolság információit felhasználva olyan lyukakat is be tud foltozni, amelyek a readeknél hosszabbak. Megadhatjuk neki, mennyi read illesztése esetén fogadjuk el a foltozást. A scaffoldok sorrendjét nem próbálja meg meghatározni.
SSPACE
A GAPFiller alkotóinak másik programja, ami a párosított readeket használja fel arra, hogy összekösse a scaffoldokat. Segítségével kevesebb szétdarabolt szekvenciánk lesz.
Mauve
Ha van egy rokon szekvenciánk, a Mauve segítségével megnézhetjük, a scaffoldok milyen sorrendben követik egymást. Arra is kiválóan alkalmas, hogy ellenőrizzük, mennyire jó az eddigi összeszerelés. Ha ugyanis azt tapasztaljuk, hogy a scaffoldok nagy része a genom különböző pontjairól származik, jó eséllyel valamit elszúrt a de-novo program. A Mauve Java-s fejlesztés, fut minden platformon.
Blast
Ne feledkezzünk meg a jó öreg Blastról sem. Ha csak ellenőrizni kívánunjuk egy genomi struktúra jelenlétét nincs jobb és megbízhatóbb ennél a programnál.
Bambus 2
Ezt a programot nem tudtam használni. Már a telepítése is elég bonyolult volt. Az AMOS programcsomag része. A feladata elméletileg az SSPACE-ra hasonlít. Ha csak tehetjük használjuk inkább azt. És ha csak tehetjük, ne használjuk az AMOS-t sem.
