HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

Feltöltés az NCBI-ba

2014.11.26. 18:00 Travis.CG

Az egyik baktérium szekvenálásból van egy nyers genomunk. Mivel végre abból is cikk lesz, fel kell tölteni a szekvenciát az NCBI adatbázisába, hogy a cikkel egy időben az is eljusson a közösséghez.

Annak idején hallottam olyan pletykákat, hogy valaki feltöltötte a Jurassic Park regényben talált szekvenciát, vagy Karácsony közeledtével a Mennyből az angyal szövegét fehérje szekvenciaként. Nem tudom, mennyi igaz belőle, de egyiket sem találtam meg.

Az biztos, hogy mára igen erősen ellenőrzik, hogy mi kerülhet bele az adatbázisokba. Mára már nagyon sok féle adatot fel lehet tölteni. A mi esetünkben a WGS volt a legmegfelelőbb szekció, mert ide nem szükséges kész genomot küldeni. A nyers fasta fájlok fejlécét először formázni kell. Már itt szerepelnie kell az organizmusnak, a törzsnek. Ezután egy letölthető program segítségével (tbl2asn) konvertálni kell. Már ez a program is sok hasznos üzenettel lát el. A dokumentációval ellentétben a figyelmeztetéseket is ki kell javítani, mert a későbbi lépéseknél fog elakadni a feltöltés.

A webes form kitöltése egyszerű, de ha mégis valami hibát vétünk, akkor kapunk róla e-mailt, hogy mit fognak kijavítani. Módosításra ugyanis nincs lehetőség. Ha valamit elírtunk, csak levelezés útján kérhetjük az adminisztrátorokat, hogy változtassák meg.

A manuális munka miatt a feltöltés három napot is igénybe vehet, ha minden jól megy. Ha hibázunk, akkor minden egyes felfedezett hiba további napokkal hosszabbítja a műveletet.

A szekvenciákat is alaposan ellenőrzik. Már csak ezért is kételkedem a fenti két anekdota hitelességében. A mi esetünkben is kaptam egy levelet, ahol kértek, hogy néhány kontigot távolítsak el a feltölteni kívánt szekvenciából, mert azok gorillából, orángutánból és mitokondriumból származnak. Gorilla? Mi folyhatott abban a laborban? Biztos valami nagy buli.

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr216934889

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.
süti beállítások módosítása