HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: Sajnos nekem is hasonló érzéseim vannak az R kiszorulásával kapcsolatban. Remélem jobban fogja tar... (2024.04.29. 10:48) R meetup
  • sdani: Nagyon jók ezek a bejegyzések! Feszültséggel teli, fordulatos, mint egy jobb krimi. :D Abba ne hag... (2024.04.29. 10:35) Wgel CTF
  • sdani: @Travis.CG: Egy kis szerencse sosem árt. :D (2024.03.01. 13:19) A bioinformatika helyzete 2024-ben
  • Travis.CG: Szóval az akadémiai szféra mazochistává tett, amit a Pinephone-al élek ki? Hmm, érdekes összefüggé... (2023.10.05. 18:23) Új barátom az Informatikai titkárságról
  • Travis.CG: Túl nagy a hype körülötte, ezért túlzó elvárások vannak vele szembe. Ha a korábbi chatbotokhoz kép... (2023.02.28. 06:28) chatGPT, a bioinformatikus

Humán genom MinION-al

2015.04.01. 07:06 Travis.CG

Fantasztikus cikk jelent meg a Nature Methodsban. Az angliai Sanger Intézet egyik kutatócsoportja sikeresen egyben megszekvenált több humán kromoszómát is MinION készülékkel. A mutatvány közel sem volt egyszerű. Először el kellett különíteni a kromoszómákat, amire egy szinkron fejlődésű sejtcsoportot használtak. Amikor az összes sejt anafázisban volt, akkor szétválogatták az egyes kromoszómákat. A DNS töréseket chaperon molekulákkal akadályozták meg, amit a szekvenálás megkezdéséig a kromoszámákon hagytak.

Egy módosított protokollal előkészítették a mintákat, majd nagyon óvatosan a MinION készülékbe töltötték őket. A szekvenálás teljes időtartama alatt folyékony nitrogénnel hűtötték a készüléket. A leírás szerint így sokkal jobb jel/zaj arányt kaptak, plusz a szupravezetés miatt a szekvenálás is gyorsabban ment. Maga a készülék egy speciális rázkódás mentes asztalon feküdt, hogy ezzel is csökkentsék a kromoszóma törés valószínűségét.

Az eredmények elképesztőek. A 20-as és 21-es kromoszómát teljes egészében megszekvenálták. Sajnos az 1-es és 2-es kromoszóma esetén csak a kis kart sikerült egyben leolvasni, a nagy kar a kényes művelet ellenére is két darabba törött. A szerzők bizakodóak, hogy a módszerük tökéletesítésével végre megszűnnek a draft genomok és csak jó minőségű, precíz szekvenciák lesznek. A cikket az érdeklődők itt olvashatják el.

1 komment

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr527325548

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Kalle 2015.04.01. 12:19:37

Egy újabb szög a bioinformatikus munkakör koporsójában :)
süti beállítások módosítása