Kedves barátom. Most, hogy belekósoltált a bioinformatikába, bizonyára elérkezettnek látod az időt, hogy alkoss valami nagyszerűt és rászabadítsad a világra. Tetszik az ifjonti lelkesedésed! De mielőtt megnyitnád a vim-et (hiszen mi mást is használnál), nem árt kicsit körülnézni.
Először is, tényleg szüksége van a világnak rá? Tudom, tudom, hogy amit te fogsz csinálni, az lesz a csúcs, de mi támasztja mindezt alá? Példának okáért megnézted, mennyi hasonló termék van már a neten? Ugye, ugye!?
Hogyan? De a tiéd tartalmazni fogja X funkciót? Azért az egy új funkcióért érdemes egy teljesen újat létrehozni? Nem lenne elég egy foltot küldeni valamelyik már létező megoldásnak?
Látom, még dacolsz. Helyes, van benned kitartás. Szükséged is lesz rá! Nézd csak meg példának okáért a sikeres alkalmazásokat, azon belül is a genom böngészőket. (Ugye nem azt akartál készíteni?) Az IGV például ronda, de nagyon egyszerűen kezelhető. Minél jobban megismered, annál inkább látni fogod, hogy minden megvan benne, ami kell. Hogyan érték el mindezt? Folyamatos fejlesztéssel. Ha kíváncsi vagy, töltsd le az első verziók egyikét. Mintha egy másik program lenne, igaz? A Release Notice-ban megnézheted a dátumokat is. De említhetném a Blastot is. A legújabb funkcionalitásban messze túlszárnyalja az eredetit.
Ezeket több ember csinálta, te viszont egyedül vagy? A Mira-t is egyetlen ember fejleszti. Figyeli és teszteli az új szekvenátorokat, hogy beépítse a támogatást a következő verzióba. Követi a konkurenciát és vezeti a levelező listát. Meghallgatja az embereket és segít nekik, hogy használni tudják a programját. De ami majdnem ilyen fontos: nem akar több lenni, mint ami. Nem akar humán genomokat összerakni, nem akar metagenomikában kitűnni. Ha mégis valaki erősködik, másik programot ajánl neki.
Ezen a ponton érdemes elgondolkodni, elég tiszták-e a céljaid? Nem vágod-e túl nagy fába a fejszéd? Ott van például a Galaxy. Minden akar lenni egyszerre. Ha illeszteni akarod a szekvenciákat, harminc program ugrik az arcodba (a különböző verziószámokról nem is beszélve), egy futtatás után az átmeneti fájlok elborítják az előzményeket. Egy teljes feladatsor esetén pedig reménytelen megtalálni, hogy mi a ki- és mi a bemenet.
De sokkal kisebb feladatok is okozhatnak nehézséget. Elég csak az iRAP-ot megnézni, ami nemes egyszerűséggel RNA-seq mindenes, "egyszerű" felülettel. Elmondom neked, hogy a telepítés során egy kisebb bioinformatikai ökoszisztémát kell felraknod, az adataidat egy szabványosított könyvtár struktúrába kell helyezned. Ha nem így teszel, több órás futás után kapsz csak hibaüzenetet. Ha viszont idősoros adatod van, az alkalmazás nem tud mit kezdeni vele.
Még mindig meg akarod valósítani a terved? Szemernyi kétséged sincs? Akkor nincs más hátra, vágj bele!
Mi az, hogy nem vim-et használsz?
