HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

Bioinformatika 2017

2017.12.07. 22:38 Travis.CG

A Bioinformatika 2017 konferencia nem csak a Magyar Bioinformatikai Társaság konferenciája, hanem az Elixir első rendezvénye is volt. A csoportvezetők mellett a PhD hallgatók is előadhatták kutatási eredményeiket. A rendezvényről video felvétel is készült, ha lesz link, itt fogom közzétenni én is. (Szerk: A videók itt találhatóak.)

Csabai István: Kollaboratív keretrendszer genomikai adatelemzéshez
A genomika felfutóban van, egy projekten belül több, különböző háttérrel rendelkező ember dolgozik, gyakran nagy földrajzi távolságban. A megoldás egy felhő alapú rendszer, aminek a Jupyter notebook az alapja, GitLab a verzió követő rendszere, míg a számítás virtuális gépeken megy. Van jogosultság rendszere és kommunikációs felülete. A szolgáltatás itt található.

Barta Endre: Transzkripciós faktorok és kofaktorok topológiájának vizsgálata a DNS-en ChIP-seq adatok elemzésével
A munka során a szabadon elérhető Chip-seq adatokat elemezték újra. A peak legmagasabb pontját meghatározták és ezt tekintették kötőhelynek. A CTCF pozícióhoz képes a többi kötőhely pozíciója nem véletlen szerű, ezért a kötőhelyek egymáshoz viszonyított helyzetére lehet következtetni. Az elcsúszás mértékéből még azt is meg lehet állapítani, hogy a motivum közvetlenül vagy közvetve kötődik-e a DNS-hez.

Antal Péter: Bayesi rendszerszintű vizsgálatok a közös genetikai háttér felderítésére komplex fenotípusok, betegségcsoportok és betegségek összessége esetén
A genetikai asszociációk a kezdeti SNP/fenotípus kapcsolatból tovább fejlődtek. A túlzott többszörös teszt korrekciót a Bayes módszerrel igyekeznek orvosolni, ahol imputációval a már létező háttértudást igyekeznek bevonni a számításokba. Az így keletkező hálózatok rendkívül bonyolultak, mert a gráfok részletesebb leírást adnak, de a feldolgozásuk is időigényesebb.

Fuxreiter Mónika: A szerkezeti elmosódottság szerepe a fehérjék szerveződésében
Az előadáson nem voltam.

Mészáros Bálint: Rendezetlen fehérjék és fehérje régiók szerepe a rákban
Az előadáson nem voltam.

Pongor Sándor: Molekuláris jelzések és a mikrobiális közösségek stabilitása
A mikrobiális élőlények még mindig a legynagyobb metabolizáló állomány a Földön. A megfigyelések alapján tudjuk, hogy a sejtek "tudják", hogy elég a számuk egy erőforrás feldolgozásához, ami azt jelenti, hogy kommunikálnak és kollaborálnak. A kommunikációs géneket matematikailag modellezték, majd megpróbálták a azok evolúcióját is feltárni. Ha a kommunikációs gének mutálódnak, kevert populációk jönnek létre, melyek túlélése kihathat a teljes állományra. Szerencsés esetben az egyik szubpopuláció felül tud kerekedni és túlél. Rossz esetben a hátrányos szubpopuláció gátolja a többi terjeszkedését is.

Gáspári Zoltán: Térszerkezeti sokaságok szerepe a fehérjék szerkezet-hatás összefüggéseinek megértésében
A fehérje szerkezetek meghatározásának egyik legjobb módja, ha kísérletes eredményeket kombinálnak molekuladinamikai számításokkal. Egy prediktált szerkezet validálása bonyolult folyamat, fennáll a túlillesztés veszélye. A csoport készített egy webszervert, melynek célja, hogy elvégezze ezt a validálást.

Szöllősi Gergely János: Horizontális géntranszfer események mint molekuláris fosszíliák
A molekuláris szekvenciák közti különbségek az idővel arányosan nőnek, ezért molekuláris órákként lehet őket használni. Ezek az órák nem globálisak, hanem élőlény csoportonként eltérhetnek. Jelenleg a fosszíliákat tekintik az egyetlen valós bizonyítékoknak, de azok sem képesek minden kérdéses eseményt megmagyarázni. A horizontális géntranszferből eredő bizonyítékok viszont kiegészítheti a fosszíliákat és precízebb génfákat eredményezhetnek. Az elmélet implementációja itt található.

Bálint Mónika: Hogyan csomagoljunk be egy célpontot?
Fehérje molekulák célba juttatásánál fontos azok becsomagolása, hogy a kötőhelyeket megvédjék. Jelenleg két módszer létezik: az AutoDock és az úgynevezett blind docking. A csoport egy harmadik módszert dolgozott ki, amit wrap'n'shake-nek neveztek el. Habár még nincs validálva, a szintetikus teszteken jól teljesít.

Fichó Erzsébet: Rendezett rendezetlenség
A rendezetlen fehérjék kapcsolódhatnak más rendezett vagy rendezetlen fehérjékhez. A PDB, GO és PubMed információkat felhasználva két webszolgáltatást hoztak létre, melyek célja a kölcsönhatás függvényében a rendezetlen fehérjék és azok partnereinek összegyűjtése. A DIBS esetén a rendezetlen fehérjék globuláris partnerekhez kötődnek, míg az MFIB a rendezetlen-rendezetlen kapcsolatokra specializálódott. A két adatbázis a rendezetlen fehérjék teljes spektrumát lefedik.

Dobson László: Rendezetlen fehérjék komplexeinek vizsgálata szekvenciális, szerkezeti és funkcionális szempontból
A rendezett és rendezetlen fehérjék között rengeteg átmenet fordulhat elő. Például egy rendezetlen fehérje is lehet stabil, ha bizonyos partnerekhez kötődik. Kérdés, hogy a rendezetlen-rendezetlen komplexek tagjai lehetnek-e targetek?

Kerepesi Csaba: Öregedést befolyásoló fehérjék predikciója gépi tanulással
A GeneAge az öregedéssel összefüggésbe hozható gének adatbázisa. A kutatási téma célja, hogy gépi tanulás segítségével lehet-e közös jellemzőket találni a gének között, illetve a trenírozott modellel lehet-e új géneket találni? Az XGBoost csomagot használva döntési fát hoztak létre, amelyek jellemzői GO termek voltak.

Medgyes Horváth Anna: Humán mitokondrium haplotípus meghatározás és filogenetikai analízis szennyvíz mintákból
A projekt úgy indult, hogy járványok metagenomikai vizsgálatát végzik szennyvízből, de időközben humán mitokondrium haplotípus azonosítás lett belőle. Az eredmények sem okoztak túl nagy meglepetést: Afrikában az afrikai haplotípus volt döntő többségben, míg ázsiában az ázsiai. Amerika sajnos kevert mintát mutatott.

Nagy Gergely: Makrofág transzkripciós faktor kaszkádok vizsgálata ATAC-seq-kel
Egér modelleken ATAC-seq-kel vizsgálták a makrofágok transzkripciós szabályozását. Több szekvenálással a folyamatot időben nyomon követték és megpróbálták a jelátviteli útvonalat feltérképezni.

Pongor Lőrinc: Mintavételezés hatásának vizsgálata ovárium tumoros betegekben újgenerációs szekvenálással
A tumor egy evolúciós folyamat, tehát szekvenálásnál egy kevert populációs kapunk. Kérdés, hogy a tumor mérete hogyan befolyásolja a szekvenálást? Sequenza segítségével határozták meg a cellularitást, Mutect 2-vel a variációkat. Az eredmények azt mutatják, hogy a méret nem befolyásolta a mutációk számát, mert a nagy mintában a kis klónok kihígulnak.

Pipek Orsolya: Egyedi mutációk gyors és megbízható detektálása izogenikus mintákban
Az előadásban megismerhettük az IsoMut programot, mely hasonló mintákból olyan mutációkat keres, melyek csak kevés mintára jellemzőek. A program már több publikáció alapját is képezte.

Végezetül egy kis anekdota: A molekuláris fosszíliák előadás után az egyik kérdező feltétlenül szükségesnek érezte bejelenteni, hogy meghatározták a bibliai Éva genomját. Az előadó egy pillanatra megfagyott egy kényszeredett mosolyban, majd azzal vágta ki magát, hogy a mitokondriális DNS vizsgálatával tényleg meg lehet állapítani egy ősi mitokondriális szekvenciát, amit hívhatunk Évának, de a kérdező tántoríthatatlanul állította, hogy Évát bizony megszekvenálták. Több komment nem volt.

Ugyan ez a kérdező a haplotípusos előadás után megkérdezte, hogy a dia, ami az emberi faj feltételezett elterjedését ábrázolta, a Pangea állapotot tükrözi-e. Az előadó nem tudta, mit válaszoljon, végül azt mondta: igen. Sajnos a mentés későn érkezett. Az egyik kutató megjegyezte, hogy a Pangea idején még nem volt ember.

1 komment

Címkék: bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr4613360411

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Travis.CG 2018.01.18. 22:24:58

A videók linket is elhelyeztem.
süti beállítások módosítása