Eheti meglepetésem az volt, hogy nem értek a Blasthoz. Egy homológ szekvenciát kellett volna megtalálni egy faj különböző módon összeépített genomjai között. Alapértelmezett módon futtattam mindent, majd megállapítottam, hogy az EnsEMBL-féle genomban nincs meg a kérdéses szekvencia.
Az egyik kollégám viszont azt mondta, hogy megvan, én meg nem értettem, hogyhogy nem találtam meg, ezért elkezdtem nyomozni.
A vizsgált szekvenciák ugyan azok voltak, de míg ő az EnsEMBL oldalán futtatta a Blastot, addig én lokálisan. A paraméterek emiatt nehezen feleltethetőek meg egymással, de a letöltött eredmények alapján a verziószámban biztosan volt különbség. Lehet, hogy ez okozta a különbséget? Ezért letöltöttem a weboldal verzióját. A genomokat újra kellett indexelni, de ugyan úgy futtattam mindent, mint korábban.
Továbbra is volt különbség az eredményekben, a verziószám egyezésének ellenére. Akkor a paraméterezés fog eltérni! Ezt viszont az eredmény fájlból nem lehetett kitalálni. Elkezdtem olvasni a dokumentációt, hátha találok valami támpontot. De már ezerszer olvastam ezelőtt. Miért nem találom a megoldást?
Aztán eszembe jutott, hogy a Blast alapértelmezetten a megablast módban fut, hátha ez a különbség! Ezért a -task blastn-short opciót használtam, és csodálatos módon megjelent a rejtőzködő eredmény. Szép dolog az alapértelmezett futtatás, csak aztán érteni is kell, hogy mit kaptunk.
