A metagenomika sosem látott perspektívákat nyitott meg a környezeti mikrobiológiában. A tény, hogy egy kis környezeti mintából képet kaphatok az ott élő mikroszkópikus élőlényekről, fantasztikus.
Készítettem is egy kisebb webszolgáltatást az intézetben dolgozóknak, hogy minél kevesebb időráfordítással tudják elemezni a mintáikat. Tényleg semmi extrát nem csinál. A kutatóknak fel kell tölteni a szerverre a szekvenciákat, és kész. Minden éjfélkor elindul a munkafolyamat, és lefuttatja a FASTQC-t, Kraken2-t, Braken-t, majd a munkaidő megkezdése után az eredmények letölthetőek.
Felmerült, hogy a mintákat normalizálni kellene, amire az egyik kutató a rarefy módszert javasolta mondván, hogy "mindenki azt használja". Bevallom, még életemben nem hallottam róla, ezért elkezdtem kiművelni magam. Ahogy a mögötte álló elméletet elkezdtem olvasni, rájöttem, hogy a tudománynak van hová fejlődnie.
Miről is szól mindez? Képzeljük el, hogy van 10 mintánk. Mindegyikben azonosítunk különböző számú fajt. Mindegyik faj eltérő számú egyedből áll. Eztután kiválasztjuk a legbénább mintát, tehát azt, ahol a legkisebb az egyedek száma, majd random mintavétellel a többi mitából addig dobálgatjuk ki az egyedeket, amíg el nem jutunk a legbénább minta szintjére.
Mikor ezt először elolvastam, azt hittem elfelejtettem angolul, és valamit nem értettem meg. Más cikkeket is elkezdtem olvasni, mire kiderült számomra, hogy ez egy általánosan elfogadott módszer. Mindenki tudja, hogy rossz. Mindenki tudja, hogy az eredmények megismételhetetlenek, csak éppen senki nem foglalkozik vele, hanem használják, hiszen mindenki más használja. Néha megjelennek cikkek, amelyek a módszert kritizálják, de úgy tűnik, ezeknek valahogy nincs hatása a kutatók gondolkodására.
A másik védekezés az volt, hogy az "ökológusok régóta használják". Ez mindent megmagyarázott. Korábban már volt egy vitám egy ökológussal, aki elmagyarázta nekem, hogyan kell differenciál expressziót számolni, azóta kezd kialakulni bennem egyfajta óvatos távolságtartás.
Mikor mondtam, hogy ezt a "módszert" nem implementálom, akkor még ők támadtak nekem, hogy én nem akarok normalizálni. Mondtam nekik, hogy nem a normalizálás ellen van kifogásom, hanem ez ellen a módszer ellen. A kommunikáció eléggé megrekedt, mert én nem értettem, miért nem látják, hogy ez egy hülye módszer, ők meg nem értették, miért nem fogadom el ezt a "kicsi rosszat", szemben a "nagyobb rosszal", ami a normalizáció teljes hiánya lenne.
De ez nem kicsi rossz. A normalizálás a legalapvetőbb elemzési lépés. Ha ez hibás, minden rá épülő lépés hibás eredményt ad. Nem azért kell végrehajtani bizonyos elemzéseket, mert "mindenki ezt csinálja". (Bár bevallom, én is szoktam élni ezzel az érvelési módszerrel, ha nem tudom megértetni magamat.) Azért kell ezeket a lépéseket megcsinálni, mert eddigi ismereteink alapján ez adja a legjobb eredményt.
A kettő között kellene lennie némi átfedésnek. Tehát azért kellene elterjedtnek lennie egy módszernek, mert jó eredményt ad, nem azért kapni rossz eredményt, mert elterjedt a módszer.
