Eljött az első bioinformatikai konferencia is, amit élőben tartottak meg. Egy régi ismerőssel azon viccelődtünk, hogy annak idején a konferenciákon az ember kapott egy kis tatyót füzettel, tollal. Most meg láttam embereket, akik a délutáni szekció első szünetében reménykedve rázták meg az üdítős dobozokat, hátha van még benne innivaló. De aki ide jön, az a tudományra szomjazik, nem a baracklére.
Az idei konferencia is megtalálható YouTube-on, ezért csak röviden írok mindegyik előadásról. Egy-két személyes gondolatot hozzátéve.
Öregedési folyamatok molekuláris mechanizmusainak elemzése értelmezhető gépi tanulással
Mert eddig értelmezhetetlen gépi tanulást használtak :-) Az öregedési folyamatok hátterét sokan kutatták már, és bizonyítottan epigenetikai jellemzői is vannak. Neurális hálót használtak, aminek a rejtett rétege a Reactome-nak feleltethető meg. Az itt található súlyokat nem változtatták a tanítás során. A Reactome miatt lehet tudni, melyik anyagcsere út aktiválódik.
A lineáris SVM-ek néhány szép alkalmazása gráfok és sorozatok elemzésében
Agygráfokra használtak lineáris SVM-t. A férfiak és nők agygráfjait hasonlították össze. Mivel lineáris az elválasztás, az elválasztó vonaltól távol eső agygráfok nagyon fontosak nemek között. Ezek jellemzően hormon receptorok.
Lesz-e az E. coliból szuperbaktérium?
A virulencia faktoroktól veszélyesebb lesz a vírus, míg a rezisztencia génektől nehezebb védekezni ellene. Kérdés, hogy örökölhet-e az E. coli mindkét géncsaládból úgy, hogy egy olyan törzs alakuljon ki, amitől mindannyian megdöglünk. Ezért 21 ezer genomot letöltöttek, törzsfákat építettek. Statisztikai tesztet is csináltak, ami csak egy régi Mac-es program formájában létezett. Az eredmények alapján a virulens törzsek inkább virulencia faktorokat gyűjtöttek, míg a rezisztensek inkább rezisztens géneket. Az eredmények alapján nem lesz szuperbaci.
Egy rács-alapú, malignus sejtek szimulációjára fejlesztett ágens alapú szoftver bemutatása
Több sejt szimulációs alkalmazás is létezik, de egyik sem tökéletes, ezért újabbat fejlesztettek, aminek majd webes felülete is lesz. Példákat láttunk a használatára. Bár a program egyszerűbb modell alapján dolgozik, eredményei pontosságban megegyezik a többivel.
Az autofágia indukciójában kulcsfontosságú mTORC1-ULK1-PP2A szabályozási háromszög működésének rendszerbiológiai vizsgálata
Az mTOR C1 AMPK szabályozási háromszöget vizsgálták rendszerbiológiai megközelítéssel. Differenciál egyenleteket alkottak, a paramétereket kísérletesen állították be. Tudták vizsgálni a szabályozás dinamikáját.
SARS-Cov-2 PCR primerek célrégióiban megjelenő mutációk vizsgálata
Mennyire pontos a PCR, ha a vírus genomja folyamatosan változik? A vizsgálat során 53 primer készletet vizsgáltak. A legtöbb PCR esetén 2-3% a tévedés aránya, csupán négy olyan primer volt, ahol a gond lehet a detektálás hatékonyságával.
A SARS-CoV-2 potenciális új variációi által okozott betegség lefolyás előrejelzése gépi tanulás segítségével mutációs adatok alapján
A mutációból a betegség lefolyására következtetnek. A programnak két módja van, vagy egy szekvenciát kell feltölteni, amiből többszörös illesztéssel meghatározzák a mutációkat, majd prediktálnak egy kimenetet, vagy közvetlenül a mutációkat lehet felvinni. Személy szerint nehezen értelmezhetőnek tartom, mit is takar a betegség lefolyása, ha nincs bemenet a páciensről. covidoutcome.bio-ml.com
A HLA-I és HLA-II variánsok közötti kölcsönhatás befolyásolja a tumorellenes immunválasz erősségét és időzítését melanómás betegeknél
A tumor immunterápia függ a páciens HLA típusától. A HLA-II típusok immunterápiára gyakorolt hatását nem vizsgálták. A vizsgálat során találtak olyan HLA I és II típusokat, amelyek megléte nagyban befolyásolja az immunterápia sikerét.
A TNMPlot bővítése: új analízisek lefuttatási lehetőségei és új grafikus megjelenítési formák bemutatása
A weboldal a tumor-normál és metasztatikus szövetek génexpresszióját hasonlítja össze. Most már több gént is tud egyszerre nézni és gén szignatúrákat is vizsgálhatunk.
Venezuelai ló-láz encephalitis vírus proteáz öninaktivált konformerének vizsgálata molekuladinamikai szimulációkkal
Embert és állatot is megfertőz. Van egy natív és egy inaktív konformációja, amit molekuladinamikai modellezéssel vizsgáltak. Megtalálták miért más a kettő.
Vitális funkciók paraméterezése aktivitásmerő okoskarkötőkkel
Emerekre okoskarkötőt adtak, mértek egy csomó adatot, lépcsőztették őket, majd megmérték ugyan azokat a paramétereket. Az adatokat összegyűjtötték, majd az előadó felsorolta egy gépi tanulás könyv tartalomjegyzékét, hogy majd azokat akarják elvégezni.
A protein-arginin-metil-transzferáz-5 enzim foszforilációjának szerkezeti hatásai a H4 hisztonhoz való kötődésére
Felépítettek egy PRMT5-MEP50 + Hiszton H4 komplexet natív és foszforilált formában, és ezt molekuladinamikával vizsgálták.
GPCRdb, a G protein-kapcsolt receptorok információs adatbázisa
Az adatbázis már '93 óta létezik, folyamatosan fejlesztik. Most AlphaFold-al legeneráltak térszerkezeteket és azokat is belerakták. Ezen kívül egy ligand adatbázist is létrehoztak.
TmAlphaFold adatbázis: AlphaFold2 segítségével becsült transzmembrán fehérje szerkezetek membrán lokalizációja és értékelése
A folding kicsit más membrán fehérjéknél. Meghatározták hol lehet a membrán síkja, mi lehet a transzmembrán domain. Az eredményeiket egy adatbázisba gyűjtötték.
Membránfehérjék szerkezete az AlphaFold AI után
Az AlphaFold jól működik membránokra is, de az AlphaFold-multimer nem olyan jó. Az ABC transzportereken, mint példán keresztül bemutatták, hogy azért a kísérletes szerkezet meghatározást még használni kell.
Fehérjék kötőhelyeinek fragmens alapú azonosítása
A fragmensek kis 10-16 atomos poláros kis molekulák. Bármilyen fehérjén meg tudják keresni a kis molekula kötőhely helyét. Ez azért jó, mert ezzel a módszerrel bonyolult fehérjék kötődési mintázatát tudják vizsgálni.
Az immuneterápia hatékonyságának előrejelzése
A ROC görbe rajzoló alkalmazás megtalált egy cikkben leközölt gént, ami fontos az immunterápiában. Az előadó ezért úgy gondolja, hogy a többi gén, amit megtalált a program, az is biztos jó lehet az immunterápiában. A fals pozitív találatok fel sem merültek senkiben, még a felvetített kérdéses hatékonyságú AUC görbék láttán sem.
