Egy újabb régi munkára került fel a pont. Megjelent a második genom szekvenálásból származó cikkem.

A szarvassal már régóta foglalkoztak az intézetben. Mikor PhD hallgató voltam, már akkor is rengeteg előadást hallottam a vele folytatott munkákról. Ha jól emlékszem, 2014 körül jött el az idő, hogy a genomot is megszekvenálják. De nem az a csoport szekvenált, aki eddig szarvasozott, hanem egy másik csoport és talán itt kezdődött az az ellentét, ami végül egy hatalmi vitába torkollott.

Az elején az egész genom egy nagy rakás FASTQ read volt. Már az összerakás sem ment zökkenő mentesen, hála a pécsi szuperszámítógépnek, ami valahogy soha nem akart egy hónapnál hosszabb ideig üzemelni. Végül mégis lefutott az ALLPATHS és a nagy rakás FASTQ-ból lett egy kisebb rakás scaffold.

Igazából már ezzel is dolgoztak, mert emlékszem, kellett SNP-ket kibányásznom a szekvenciákból és a mitokondriális DNS vizsgálatok is mintha ebből merítkeztek volna.

Teljes mellszélességgel akkor kezdtem dolgozni az adatokkal, amikor felmerült az ötlet, hogy a genetikai térkép alapján próbáljuk meg összerakni a scaffoldokat pszeudó kromoszómákká. Elöször azonosítottuk a genetikai markereket, amelyeket a genetikai térképezés során használtak. Azokat a scaffoldokat, amelyek tartalmazták ezeket a marker szekvenciákat, azonnal el tudtuk helyezni a képzeletbeli kromoszómán. Ezen marker szekvenciákat, ha tudtuk, a szarvasmarha genomon is megkerestük.

Ha két marker ugyan azon a kromoszómán volt a szarvasban és a szarvasmarhában is, akkor feltételeztük, hogy azok a scaffoldok, amelyek Blasttal elhelyezhetőek a szarvasmarha genomra és a két marker között vannak, a szarvas genomban is a két marker között lesznek.

Mivel nem volt sok marker, így is sok lyuk tátongott a pszeudo kromoszómákon. Személy szerint itt meg is álltam volna, de akkor jött az újabb ötlet: vegyük bele a szarvasmarha gének sorrendjét is a játékba, mintha azok is markerek lennének. Ha tehát két marker között volt egy gén a szarvasmarha genomban, akkor úgy vettük, hogy a szarvasban is ott van.

Közben egyre több cikk jelent meg, ahol sika szarvast meg más rokon fajokat szekvenáltak tizesével, miközben mi egyetlen genommal vesződtünk. Volt egy szerencsétlen próbálkozás, hogy újabb szekvenálást indítunk, hosszabb readekkel vagy hosszabb távolsággal a readpárok között, de a pénzügyi helyzet közbeszólt. Inkább újabb ötleteket eszeltünk ki, hogy a szarvasmarha genom információkat a szarvasra alkalmazzuk.

Többször hangoztattam, hogy túl sok információt veszünk át más genomokból, ami nem feltétlenül igaz a szarvasra. Jutalmul részt vehettem egy megbeszélésen, ahol egyetlen szót sem kellett szólnom, cserébe tudomány történeti kiselőadást hallhattam arról, hogy az első lépések az ismeretlenbe nem feltétlenül a helyes eredményt adják. Például a nagy földrajzi felfedezések idején rajzolt térképek közelében sincsenek a kontinensek valódi formájával. Ez kétségtelenül igaz, de továbbra sem tudtam szabadulni a gondolattól, hogy túl nagyvonaltúak kezeljük az evolúciós folyamatokat.

Közben egy másik égető probléma is jelentkezett. A szarvasos csoport egyre inkább úgy tekintett a genom projektre, mint aminek nulla a tudományos értéke és inkább csak szentimentális töltete van. Történetesen úgy gondolták, hogy nem is kellene tudományos lapban megjelentetni, hanem a Nimródban, mert ez a vadászokat biztosan jobban érdekli.

Gyarló emberi lényként engem nem érdekeltek a vadászok. Lehet, hogy másképp lövik halomra azokat az állatokat, amelyeknek ismert a genomja, nem tudom. De nekem, mint kutatónak az egyetlen valutám a publikáció. Nimród, Kiskegyed nem tartozik ezek közé. Azon kívül a témán dolgozott nem egy PhD hallgató is, akiknek fokozat szerzése múlhatott volna egy ilyen döntésen. Egyébként nem is értettem, miért nem lehet egy tudományos közlés után megjelentetni róla egy összefoglalót?

Végül elkészültek a pszeudo kromoszómák és én elhagytam az intézetet. Kézzel még további scaffoldokat helyeztek el, ami elég sziszifuszi munka. De ezzel még nem volt vége! A szekvenciákat annotálni is kellett. Ez sem volt olyan egyszerű, mert a legtöbb annotáló program még bakteriális szekvenciákon is napokig fut. Ez pedig egy eukarióta volt. Részleteket nem tudok a folyamatból, de elég nehéz volt.

Közben a többiek a fentihez hasonló megbeszéléseket folytattak, ahol a visszatérő téma a sika szarvas szexuális élete volt. Egészen pontosan a gím és sika szarvas násza. Hiába, a kutatók válaszokat keresnek.

Majd jött a kézirat, ami legnagyobb megkönnyebbülésemre valahogy mégsem Nimródhoz akart bekerülni. Még kész sem volt a kézirat, de már kaptam a leveleket, hogy ne válaszoljak a sajtó kérdéseire, hanem irányítsam őket a ranglétra magasabb fokán állók felé. Gyorsan fel is szerelkeztem karókkal meg fokhagymával a lesből támadó, habzó szájú riporterek ellen. Ezeket komolyan kell venni. Ezek Nimródosok!

Közben szép lassan kibontakozott egy kisebb háború, hogy ki legyen a levelező szerző. A szarvasos csoport feje természetesen úgy érezte, hogy ő, mivel már regóta szarvassal foglalkozott. A szekvenálós csoport főnöke viszont magának akarta ezt a címet, mert nélküle még mindig PCR-el, meg arrayekkel szórakozna a másik fél. Volt ordítozás, nem-beszélés, minden, mint egy igazi szappan operában. Természetesen, ahogy minden sakk játszmában lenni szokott, itt is a gyalogok érezték a legrosszabbul magukat.

Az élet végül visszatért a szokásos medrébe. A riporterek elkerültek, a kutatók tovább dolgoztak, a gím és sika szarvasok pedig további hibridizáltak.

Korrekció:

Kaptam egy levelet, amiben a bejegyzés következő pontatlanságaira hívták fel a figyelmemet:

1. A bioinformatikai csoport vezetője senkivel sem ordítozott, vele ordítottak.
   
2. A bioinformatikai csoport vezetője nem akart egyes egyedül levelező szerző lenni, csupán megosztott levelező szerző.
3. A bejegyzés azt sugallja, hogy az összerakott szarvas genome nem jó, de egy skót, nagy felbontású géntérképpel összehasonlítva a szekvenciák teljesen jók.
4. Bár a poszt csak érintőlegesen említi mások munkáját, a megjelent cikk rosszul tartalmazza az említett csoportvezető hozzájárulását, mert ő rakta össze a genomot, ő találta ki a bioinformatikai pipeline-okat, és a pszeudokromoszómák összerakásának minkéntjét is.