A rendkívül fantáziátlan elnevezésű konferencia semmilyen tematikát nem vonultatott fel, egyszerűen csak előadásokat lehetett hallani. Volt kint egy Elixir zászló, mintegy jelzésként, hogy annak is a tagjai vagyunk. Úgy tűnik a csatlakozáskor tapasztalt kezdeti lelkesedés kezd lelohadni. Sokkal jobban foglalkoztatott mindenkit a Bioinformatikai Osztályközi bizottság, és ennek a tagtoborzása, amit egy köremail formájában letudtak, majd jöhettek az előadások. Ezek kivonata itt is megtekinthető.
Ladunga István: Hogyan kezeljünk bizonytalanságot, hibát és torzításokat high-throughput biológiai kísérletekben?
A kutatásban torzítások vannak. Ezek egy része abból adódik, hogy a társadalmunk hierarchikus felépítésű, ezért a jelenségek értelmezésénél mi is hierarchikus struktúrákat vélünk felismerni. A másik része biológiai örökségünk, ugyanis az evolúció folytán a túlélés érdekében gyors döntéseket kellett hozni, ami a kutatásban nem feltétlenül előny. Az egyik példa erre a torzításra a mester gének, amelyek pontosan nem definiáltak, de olyan géneknek kellene lennie, amelyek másokat szabályoznak, miközben azokat nem szabályozza semmi. Az újabb kutatások egyre több olyan bizonyítékot találnak, ahol a mester gének is szabályozás alatt állnak. A megoldás, hogy gondolkodásunkat a sztochasztikus folyamatok felé toljuk el, és valószínűségekkel írunk le jelenségeket. Legyünk kritikusak, cáfoljuk meg saját hipotéziseinket, legyünk objektívek.
Kalmár Lajos: Antibiotikum rezisztencia gének kimutatása és követése komplex mikrobiológiai közösségekben
Az antibiotikum rezisztencia komoly probléma. A gyógyszer cégeknek nem is éri meg új antibiotikumot fejleszteni, olyan gyorsan elavul a szer. Ezért kell a rezisztencia kialakulását vizsgálni, amihez a baktérium közösségek feltérképezése az első lépés. A csoport metagenomikai vizsgálatokat végez, de nagy probléma, hogy a szekvenálás során nem lehet tudni, mely plazmidok tartoznak az adott genomhoz. Ezért a HiC módszernél is alkalmazott keresztkötéseket hoznak létre. Ebben az esetben kis eséllyel ugyan, de a plazmidok a genomhoz kötődhetnek. Az összeszerelést a metaSpades programmal végzik, majd a kontigokon megkeresik a rezisztenciáért felelős géneket.
Bagyinka Csaba: “SVD clustering”, egy új, SVD algoritmuson alapuló képanalizáló és pixelcsoportokba rendező módszer (Modellek és Raman mikro-spectroszkópiai példák)
A Raman spektroszkópia olyan kép-szerű adatokat produkál, ahol minden egyes pixelhez egy intenzitás spektrum tartozik. Ezek elemzésére PCA-t használtak. Tényleg csak ennyiről szólt az előadás. Generáltak mesterséges adatokat, majd mérték a jel-zaj arányt.
Gellért Ákos: Szerkezeti bioinformatika alkalmazása a növény, állat és humán virológiai kutatások szolgálatában
Az előadás három részből állt, három korábbi publikáció módszertanát mutatta be. Egyszer az uborka mozaik vírus egyik fehérjéjének szerkezetét elemezték, másszor hüllőket támadó paramzxoviridae családba tartozó patogéneket vizsgáltak, végül humán astrovírust elemeztek.
Nagy G. László: Soksejtűségtől a biotechnológiai alkalmazásokig: összehasonlító -omikák a gombák világában.
Habár a szekvenált genomok száma folyamatosan növekszik, mégsem nő vele arányosan az ismert gének száma. Rengeteg gén van, amelyet szekvencia homológia alapján nem lehet besorolni. A csoport azt a célt tűzte ki, hogy az ismeretlen funkciójú géneket a törzsfák segítségével annotálják. Észrevették ugyanis, hogy gombák esetén a kópiaszám arányos az élőhelyre jellemző fenotípussal. Például a lignin bontó enzimeket kódoló gének száma a korhadékevő gombáknál magasabb.
Szüts Dávid: Összetett mutagenikus folyamatok biológiai hátterének feltárása kísérletes és tumor- szekvenálási adatok elemzésével
Mutációs szignatúrákat kerestek tumor mintákban, és bár a COSMIC a mismatch repair hiányához egyetlen szignatúrát rendel, a vizsgálatot végzők több szignatúrát is kaptak. Ezért saját szignatúrát generáltak, ami minden vizsgálatukat ellentmondás mentesen lefedte, ami nem is olyan meglepő, hiszen abból az adatszettből származtak. A saját szignatúrák annyira jól működtek, hogy minden más szignatúrát elő tudtak állítani.
Papp Balázs: A metabolom evolúciója élesztőkben
Amíg a fehérjék evolúciója viszonylag könnyen visszavezethető DNS mutációkra, addig a metabolitok változása anyagcsere szerkezet változás nélkül is létrejöhet. Ezeket a változásokat vizsgálták élesztőben. A metabolitok koncentrációja diverz, még közel rokon fajok között is. A filogenetikai változást Braun-mozgással modellezték. Egy felgyorsult evolúciót tapasztaltak, és azt, hogy a metabolitok változásáért nem csak az anyagcsere gének felelősek, hanem a stressz-tolerancia génekkel is erős korrelációt mutat.
Solymosi Norbert: Metagenomikai vizsgálatok
Ebben az előadásban mutatkozott be az Állatorvosi Egyetem új Bioinformatikai csoportja. Két témát mutattak be. Az egyik a mézelő méhek normál bélflóráját akarta feltérképezni, mert azok a növényvédő szerek, melyek nem pusztítják a méheket, befolyásolják a bélflóra összetételét és közvetett módon mégis méhpusztulást idézhetnek elő. Az ország valamennyi pontjáról vettek mintákat, egyszer tavasszal, egyszer nyáron. Azt tapasztalták, hogy a hőmérséklet befolyásolja a metagenom összetételét. Többet nem tudtunk meg. A másik téma a nyers tej baktérium összetételét próbálta meghatározni, de irreális eredményeket kaptak. Cikkekben látták, hogy nem genomra, hanem fehérjékre is lehet illeszteni az összeszerelt metagenomot. Ők is illesztették, és látták, hogy sok fals találat van. Generáltak egy tisztán eukarióta metagenomot, mire egy csomó baktérium találatot kaptak. A fals találatok száma akkor volt a legmagasabb, ha intronokat illesztettek a fehérjékre. A hozzászólásokban elmondták nekik, hogy ha intronokat illesztenek, akkor random találatok lesznek, amik a fehérje adatbázis összetételével lesznek arányosak. Ha az adatbázisban a baktériumok felülreprezentáltak, akkor baktérium találatuk lesz.
Sebestyén Endre: A splicing dereguláció vizsgálata információelméleti módszerekkel
Az expressziós variancia befolyásolja a mutációk hatását. Ez a variancia több forrásból származik. A szekvencia motívumok lötyögése, a polimeráz kötés erőssége mind-mind egy picit más, ami miatt a transzkripció egy sztochasztikus folyamattá válik. Észrevették, hogy a daganatokban a nem csak a transzkriptek expressziója, hanem az egyes splice variánsok aránya is változik. Ezért a Shannon entrópiával jellemezték minden egyes gén transzkriptjeinek relatív arányát és ezt hasonlították össze tumor és normál mintákban. A PTEN gén esetén például nem tűnik el egyik izoforma sem, de az entrópia növekszik. A bemutatott eredmények még nagyon koraiak. Elhangzott, hogy a módszerek további finomításra szorulnak, és a jelenségek értelmezése még várat magára.
Kontra Levente: Teljes genom és amplikon szekvenálás asszisztált nyúl ERE rezisztencia nemesítés
Ebben a munkában én is érintett vagyok, még ha csak marginálisan is. Az előadás elején elhangzott, hogy az utolsó pillanatban a tenyésztők nem járultak hozzá az eredmények publikálásához, ezért az előadást sebtében át kellett alakítani. Gyakorlatilag eredményt nem hallottunk, csak módszereket. A járványos nyúl enteropátia nevű betegség rezisztencia génjeit kerestük. Végeztünk GWAS-t, RNS-seq-et, gyűjtöttünk metagenomikai mintákat, sőt, még 10x módszerrel egy genomot is összeraktunk.
Nagy Ádám: Mutáció és génexpresszió összekapcsolása vastagbél daganatokban
A TCGA-ból letölttötték az összes vastagbél daganat adatot. Az RNA-seq mintákat két részre osztották, aszerint, hogy mutáns-e az APC, TP53 vagy KRAS génekben, vagy nem, majd differenciál expressziót számoltak mutáns génenként a két csoport között. Mivel gyógyszer targetet kerestek, ezért azokat a géneket vették górcső alá, melyek magas expressziót mutatnak a mutáns mintákban (ugyanis állítólag az inhibítorokat a legkönnyebb elkészíteni). A kandidáns gének között már van olyan, amelyekre készül gyógyszer, ezért úgy gondolják, hogy a módszer jó.
Sváb Domonkos: Egy enterális patogéneket fertőző új P2-szerű bakteriofág genomikai és filogenetikai jellemzése
Mivel a bakteriofágok baktériumokat betegítő vírusok, lehetne őket használni antibiotikum helyett. A beazonosított, tisztított fágot szekvenálták, majd RAST-al annotálták. A genom felépítése alapján meg tudták mondani, hogy P2-szerű. A filogenetikai elemzés viszont azt mutatta, hogy nem a litikus bakteriofágokkal van közeli rokonságban. Ez az első állati eredetű lítikus bakteriofág. Széles gazdaspektrumú, ezért enteropatogén coli törzsek elleni védekezésben lehet szerepe.
Györkei Ádám: Escherichia coli fehérje aggregációjának szisztematikus vizsgálata in vivo körülmények között
Készítettek egy törzsgyűjteményt, ahol a gyűjtemény tagjai egyetlen fehérjét overexpresszáltak egy fluoreszcens festékkel jelölve, együtt lefedve a baktérium minden fehérjéjét. A fluoreszcencia más jelet mutat, ha a fehérje aggregálódik, mintha szolubilis formát vesz fel. A két állapot egyértelműen elkülöníthető volt a mikroszkópos képeken. Törzsenként 1000 sejtet néztek, hogy különböző hatásokra a fehérjék milyen formát vesznek fel. Egy többváltozós matematikai modellt alkottak az adatok alapján. A modell visszaadta azokat az eredményeket, melyek az irodalomból már ismertek voltak, valamint azt is mutatta, hogy a sejtfelszíni ragadósság és rendezetlenség szolubilissé teszi a fehérjéket. Ennek pontos oka egyenlőre ismeretlen.
Fekete János Tibor: ROC elemzés a terápiás válasz biomarkereinek azonosítására
A nyilvánosan elérhető expressziós array adatokat felhasználva készítettek egy ROC görbe rajzoló webalkalmazást. Két részre bontja az expressziós adatokat, aszerint, hogy a kezelésre reagáltak-e a betegek, vagy nem. Ezután végez egy Mann-Whitney tesztet, meghatározza az optimális vágópontot és rajzol egy ROC görbét. Mell és petefészek daganatokra jó eredményt ad a program, amit PCR-el validálni is tudtak. Lehetőség van saját adatok feltöltésére is.
Nagy Gergely: A PPARγ DNS-kötését meghatározó cisz és transz faktorok hierarchiájának vizsgálata
A rendelkezésre álló motívum kereső módszerek paraméter érzékenyek, vagyis a beállításoktól függően más és más eredményt adnak. A Homer például csak egy eredményt ad vissza, ha több transzkripciós faktorhoz is hasonló motívum rendelhető. Ha a chip-seq lefedettség adatokat és nukleotid összetételt is felhasználják, jobb eredményt kapnak. A módszert felhasználva, a DR1 kötőhelyen három almotívumot azonosítottak, és a klaszterezés után azt kapták, hogy a PPAR gamma dimer két vége nem egyforma erősséggel kötődik. Bizonyos kondíciók esetén az egyik, máskor a másik alegység kötése következik be.
