Az élet kódjai

Időm és energiám újból a kutatók megsegítésére fordítottam, amikor elfoglaltam helyemet a helpdesk irodában. Már nem egy kis lyukban kellett bámulni a DVI-s monitor képét, ahol csak a falaknak lehet köszönni, hanem egy világos irodában, ahonnan egyenesen rálátni a kis mesterséges tóra, ahol…

Ismét egy konferenciára mentem. A Single Cell Biology egy három napos konferencia volt, ahol az egy sejtes technikáké volt a főszerep. Igen megdöbbentő volt számomra látni, hol tart a biotechnológia és ezek miként formálják át tudásunkat. Immár nem csak az a kérdés, hogy tudunk-e szekvenálni egy…

Még 2008-körül az FPGA tűnt egy igen ígéretes megoldásnak a bioinformatikát uraló feldolgozási krízisnek. Senkinek nem volt elég a CPU adta teljesítmény. Egyre másra jelentek meg a Blastok, Bowtie-ok és más alkalmazások FPGA verziói. Később kiderült, hogy hiába a gyors feldolgozás, a I/O műveletek…

Egy bevezető kísérlet kapcsán egér oesophagus exome szekvenciákat kellett feldolgoznom. Meghatázotam a mutációkat, annotáltam mindegyiket, majd elkezdtem a mintákat különböző módszerekkel csoportosítani, hátha kirajzolódik valami szabályszerűség. Készítettem egy bináris mátrixot is, ahol a sorok a…

Ha a klikkelős, bugos, zárt forráskódú mikroRNS elemző programokból elegünk lesz, érdemes megnézni, milyen alternatívákkal dolgozhatunk. Az egyik ezek közül a mirDeep-P. A telepítése nem igényel különleges előkészítéseket. A Bowtie legtöbb bioinformatikus kelléktárában már megtalálható, a Vienna…

Ezen a héten én voltam a helpdesk. A hétfői reggeli megbeszélésen az egyik régi motoros csak ennyit mondott: sok szerencsét. A helpdesk egy olyan pozíció, amit senki nem csinál szívesen, ezért minden héten más viszi. A "büntetősarok" a kutatók irodájában van, mert így nekik is egyszerű elmondaniuk,…

A szekvenált adatok tárolása nehéz feladat. Lehetne beszélni a növekvő költségekről, a környezeti terhelésről és használhatnánk egyéb marketing szagú kifejezéseket, de frappánsan megfogalmazva ez mind annyit jelent, hogy sosem elég a tárhely. Az egyik megoldás, hogy a…

Itt a Sangerben minden hétre jut egy konferencia, de a legjobb az egészben, hogy amennyiben a létszám nem teljes, az itt dolgozókból töltik fel a résztvevőket. Kaját, tollat és szép szatyrot nem kapunk, cserébe látogathatjuk az előadásokat, beszélhetünk az emberekkel és…

Egyes biológusoknak nehezen megy a statisztika, mint tudományos módszer elfogadása. Már volt pár hiábavaló harcom ezen a fronton, pedig ha jól belegondolok, nem is értek hozzá. Amit tudok, az néhány recept, és tudom, mikor kell használni őket. Azt, hogy miért akkor kell használni,…

Kedves barátom. Most, hogy belekósoltált a bioinformatikába, bizonyára elérkezettnek látod az időt, hogy alkoss valami nagyszerűt és rászabadítsad a világra. Tetszik az ifjonti lelkesedésed! De mielőtt megnyitnád a vim-et (hiszen mi mást is használnál), nem árt kicsit…

Az iRAP-al úgy kerültem kapcsolatba, hogy az itteni csoport is fejleszt egy RNA-seq feldolgozó alkalmazást és az egyik megbeszélésen kiderült, az „túloldal” is csinál valami hasonlót. Engem ért a megtisztelő feladat, hogy kipróbáljam. Telepítés A megszámlálhatatlan…

Kint vagyok. Majd írok az élet kezdési nehézségekről, de most először lássuk, hogyan is zajlik az élet a kampuszon. Először is minden hatalmas. Az irodák akkorák, hogy kényelmesen elfér benne gép, ember. Maga a Sanger akkora, hogy külön szín kódolás van a padlón, hogy az…

Akinek a blogon leírtak felkeltették az édeklődését, az csatlakozhat hozzánk és velünk vállvetve harcolhat a bioinformatika frontján. Vannak nyulak, temérdek munka, vicces emberkék. Egy cégnél jobban…

Tavaly nem sikerült eljutnom az Illumina előadásokkal egybekötött ingyenreklámjára. Idén - mivel az egyik üzletkötő a barátom - külön emlékeztettek rá, hogy itt a helyem. A konferencia maga nem volt kirívó, előbb vettem észre a dietetikusokat, akik szintén a Lurdy-házban…

Nem hiszem, hogy van még egy olyan bioinformatikai program, ami ennyire alapvető lenne, mint a Blast. Van egy elméletem, ami szerint egy ötlet eredetiségét úgy lehet lemérni, hogy hányan próbálják meg lemásolni, illetve a farvizén elevezni. A Blast ebben torony magasan…

Először is válasszunk egy programot, ami a cikkek és fórumok tanúsága szerint könnyedén megoldja az Ön összes problémáját. Például az EuGene-t, ami a leírasok szerint annotálja az Ön frissen összerakott genomját. Telepítse a programot, ami olyan rendkívül hasznos és…

Elérkeztünk a burn-in lépéshez. Ennek során egy ismert szekvenciájú lambda fágot kellett megszekvenálni. Ez még a teszt része és a protokolok begyakorlására is kiválóan alkalmas. Mivel nálunk két készülék is van, elég adatot tudtam gyűjteni az elemzésekhez és alaposan begyakorolhattam, mire is kell…

Simándi Zoltán, Nagy László: In vitro neuron, in silico PRMT8, in vivo glioma Ebben a bevezető jellegű előadásban azt boncolgatták, a megtermékenyített petesejt hogyan differenciálódik idegsejtekké. Az RNA-seq vizsgálatokkal találtak egy PRMT8 gént, ami a központi idegrendszerben…

Az egyik baktérium szekvenálásból van egy nyers genomunk. Mivel végre abból is cikk lesz, fel kell tölteni a szekvenciát az NCBI adatbázisába, hogy a cikkel egy időben az is eljusson a közösséghez. Annak idején hallottam olyan pletykákat, hogy valaki feltöltötte a Jurassic Park…

Nemrég statisztikai számításokkal kellett kisegítenem egy projektet. A probléma az volt, hogy aki eredetileg végezte a számításokat egy warez SPSS-el, elment babázni, a cikk bírálói viszont további összehasonlításokat szerettek volna látni. Így kerültem én a képbe. SPSS-el…

Minden nemzetnek megvan a maga totemállata. A genom programok korában nem meglepő, hogy ezen állatok szekvenálása különösen fontos az adott nemzetnek, így pénzt, energiát nem kímélve végzik a feldolgozást. A kínaiaknak ott az óriás panda, az amcsiknak a "négyszázas" ló,…

Különböző fórumokon rendszeresen felbukkan az algoritmusok GPU-ra történő átírása. Ez alól a bioinformatika sem kivétel. A GPU-t amolyan isteni megváltásnak tekintik minden problémára. Még olyan emberrel is találkoztam, aki azt gondolta, attól, hogy erős videókártyát tesz a…

Nekünk embereknek elég korlátolt érzékszerveink vannak. Amennyiben olyan jelenségeket tanulmányozunk, amihez érzékszerveink kevésnek bizonyulnak, különböző eljárásokkal érzékelhetővé tesszük azt. Ez viszont együtt jár azzal, hogy az alkalmazott eljárások torzító hatását…

Több gépünk is van, ami nincs 100%-ban kihasználva, ezért úgy gondoltam, telepítek rájuk Hadoopot. Már csak a HDFS is megérné, hiszen a tárolt adatok így is több gépen vannak össze-vissza, gyakran aszerint, hogy éppen hol van hely. Ha emellett még MapReduce alkalmazásokat is…

Korábban már próbáltam játszani a SOAPdenovoval, de a bináris kivételt dobott még a legegyszerűbb esetben is, a forrást pedig képtelen voltam lefordítani. Ez sokáig frusztrált, mert sorra jelentek meg a publikációk, ahol mindenki vígan használta a programot. Mivel ezeknek a…