Az élet kódjai

Vége a hosszú, fáradságos munkának. Kész a kézirat is. A munkatársak, akik eddig együtt, vállvetve kutatták az ismeretlent, hirtelen ellenségekké vállnak és megkezdődik a harc, hogy milyen sorrendben legyenek a szerzők nevei feltűntetve. De előtte még felmerül a kérdés: egyáltalán kit vegyünk…

Egyszer volt, hol nem volt, valahol a CRT monitorok idején, de még a tapicskolós mobiltelefonok megjelenése előtt, a Napster fénykorában, volt egy zenelejátszó program, a WinAmp. Manapság, amikor gigabájtos tárak csücsülnek a zsebünkben, megmosolyogtató, hogy számítógépen tároltuk a zenéket, sőt még…

Aki álláshirdetések útján akar bioinformatikust találni, nem jár sikerrel. Azzal a furcsa érzéssel ér véget a keresés, hogy talán nincs is Magyarországon bioinformatikus. De ez nem igaz. Egyszerűen csak rossz a módszer. A Hidegháború idején sem úgy keresték az alvó KGB (vagy a másik oldalon a CIA)…

Vannak eszközök, amiket nem arra terveztek, hogy kikapcsolják. Ilyen a hűtőszekrény, a nukleáris meghajtású tengeralattjáró vagy egy 20 ezer processzoros szuperszámítógép. Ezen a hétvégén mégis pont ezt tették. Az egész hóbelevancot lekapcsolták a Sanger teljes infrastruktúrájával egyetemben. Egy…

Igazából nem értek hozzá. Illetve volt idő, amikor azt gondoltam, hogy értek hozzá, de aztán a Sangerben kezdtem dolgozni. Talán kezdjük az elejéről. Még a hírhedt benthamiana projekt idején érezhettem először testközelből a nyers RNA-seq adatot. Túl sokat nem töprengtem rajta, olvastam pár cikket,…

Egy bevezető kísérlet kapcsán egér oesophagus exome szekvenciákat kellett feldolgoznom. Meghatázotam a mutációkat, annotáltam mindegyiket, majd elkezdtem a mintákat különböző módszerekkel csoportosítani, hátha kirajzolódik valami szabályszerűség. Készítettem egy bináris mátrixot is, ahol a sorok a…

A kutatóknak sem kell a hülyeségért a szomszédba menniük. A Sangerben minden pénteken megy egy köremail cikkekről, ami érdekelheti az itt dolgozókat. Külön ki szokták emelni, ha az eredmények itt születtek és egyszerű tematikába rendezik azokat. Van egy "egyéb" szekció, ahol…

Egyes biológusoknak nehezen megy a statisztika, mint tudományos módszer elfogadása. Már volt pár hiábavaló harcom ezen a fronton, pedig ha jól belegondolok, nem is értek hozzá. Amit tudok, az néhány recept, és tudom, mikor kell használni őket. Azt, hogy miért akkor kell használni,…

Habár, mi emberek szeretjük hangoztatni, hogy van, amit nem lehet pénzben kifejezni, a gyakorlat azt mutatja, hogy a pénz igenis fontos mértéke ezeknek a dolgoknak. Vegyük például a szeretetet. Nem tudjuk megmondani, mennyibe kerül egy édesanya szeretete, de ha karácsonyra nem kap elég…

A munkám és a hobbim látszólag nagyon különböző entitások, de minél többet foglalkozom velük, annál több hasonlóságot fedezek fel közöttük. Erről a nemrég lezajlott Magyar Bioinformatikai Társaság közgyűlése győzött meg végérvényesen. Igaz, a Magyar Demoscene…

Nemrég statisztikai számításokkal kellett kisegítenem egy projektet. A probléma az volt, hogy aki eredetileg végezte a számításokat egy warez SPSS-el, elment babázni, a cikk bírálói viszont további összehasonlításokat szerettek volna látni. Így kerültem én a képbe. SPSS-el…

Call for paper. Open Journal. Ezekkel a szavakkal kezdődik minden levélszemét a munkahelyi levelezésemben. Sehol egy viagra, sem dús gazdag afrikai diktátorok, akik az én segítségemmel akarják vagyonukat kimenteni háború súlytotta országukból. Tudományos körökben nyílt titoknak…

Nekünk embereknek elég korlátolt érzékszerveink vannak. Amennyiben olyan jelenségeket tanulmányozunk, amihez érzékszerveink kevésnek bizonyulnak, különböző eljárásokkal érzékelhetővé tesszük azt. Ez viszont együtt jár azzal, hogy az alkalmazott eljárások torzító hatását…

A kutatók mindent megtesznek, hogy új ismeretekre tegyenek szert, folyamatosan az emberi tudás határait feszegetik és előremutató gondolatok birtokosai. Legalábbis ez a közvélekedés. Talán igazak is ezek a megállapítások, de mindenképp hozzá kell tenni, hogy csak a saját kutatási…

Ha megnézzük a retro számítógépek kedvelőit, akkor azt látjuk, hogy zömében nem mai fiatalok. A másik, ami feltűnhet, hogy már régóta ismerik egymást. Ennek ellenére vannak elszórt diaszpórák, ahol szinték imádják a régi vasakat, de mégsem tudnak más retro fanatikusokról.…

Rájöttem, hogy rasszista vagyok. Előítélettel viseltetek a marketingesekkel (és salesesekkel) szemben. Kaptam ugyanis egy felkérést, hogy készítsek weboldalt egy cégnek. Meg akarták mutatni, hogy mennyire értik a fejlesztés csinját-binját, ezért még specifikációt is mellékeltek,…

Van egy szélmalom harcom. Ez pedig az Excel kiűzése az életemből. De ez a program, olyan, mint egy zombi horda. Már azt hiszed, hogy biztonságban vagy tőlük, de kiderül, hogy a környezetedben valakit már megharaptak és csak idő kérdése, mikor alakul át. Ebben a posztban…

Startup cégeknél, mikor befektetőkre vadásznak, előfordul, hogy nagyobbat mondanak az emberek, mint amit kellene. Ez egyeseknek be is jön. De a művész világról nem gondoltam volna, hogy ilyen kicsinyes módszereket használna. (Bár, mint látni fogjuk, a művész megnevezése nem is…

A minap ismét a Trinityvel dolgoztam, és egy olyan szkriptnevet kellett beírnom, aminek a neve 54 karakterből állt. Rövid keresgélés után kiderült, hogy ez még nem is a csúcstartó. A gmap_gff3_to_percent_length_stats.count_mapped_transcripts.pl (61 karakter) volt a leghosszabb. Ha…

Röviden prezentálom a HIV fertőzés emberekre gyakorolt hatását: Íme egy ember, aki HIV pozitív volt: Íme egy ember, aki nem volt HIV pozitív: Vannak, akik megfertőződnek, de nem alakul ki náluk a tünetegyüttes, és vannak olyanok, akiknél igen. Ennyi a beszámoló. Az olvasó,…

Egyik nap elkövettem azt a hibát, hogy céges emblémával ellátott pólóban mentem dolgozni. A tömegközlekedésen megkérdezte tőlem egy úr, hogy tényleg ott dolgozok-e, amiből rögtön egy bioinformatikával összefüggő beszélgetés alakult ki. Az úr elmondta, hogy annak idején ő…

Be kell vallanom, elfogult vagyok. Elfogult vagyok a tudománnyal szemben. Ha meg akarják sérteni, akkor igyekszem a védelmére kelni. Komolyan gondolom, hogy a megismerés jelenleg legjobb módja a tudományos gondolkodás. Ennek egyik pillére a megismételhetőség. A megismételhetőség egy…

Sokáig úgy gondoltam, a bioinformatika egyfajta tudományos megváltás. A nehéz és költséges kísérletek zajos eredményeiből a számítógépek, algoritmusok egyfajta letisztult eredményt adnak és olyan összefüggéseket láttatnak meg, amelyeket laboratóriumi munkák…

Ön tudja nyomkodni a Facebookot? Használt már Windowst? Gratulálunk, Ön mától bioinformatikus! Hogyan? Ön úgy érzi, keveset ért semmit a biológiához? Semmi gond, ez nem akadály. A nukleotidokra gondoljon úgy, mint holmi karakterekre a Wordben, ahol csak négy karaktert kell…

A növényi betegségekről nem tudok túl sokat. Úgy is mondhatnám, semmit, ezért beszereztem egy könyvet "Beteg növények biokémiája és élettana" címmel. A könyv 1991-ben jelent meg, ami azt jelenti, hogy a '80-as évek ismereteit foglalta össze. Logikusan tagolva mutatja be…