Az élet kódjai

Még tegnap este megnéztem kedvenc marketingesünk laptopját, mert állítólag elromlott. Az elromlott azt szokta jelenteni, hogy nem azt csinálja, amit a tulaj szeretne, ezért erős fenntartásokkal fogadtam a tüneteket. Végül sikerült megállapítani, hogy tele van a merevlemez hibás…

A vonat sebesen szeli át az országot, hogy elérjen Bécsbe, a BioIT World konferencia színhelyére. A cég, amelynek alkalmazásában állok, itt akarja népszerűsíteni legújabb termékét, nekem meg sikerült kiharcolnom, hogy eljöhessek én is. Az eljövetel egyik feltétele az volt, hogy…

A Bioconductor egy olyan R csomag gyűjtemény, ami statisztikai oldalról támogatja a bioinformatikai munkát. Validálásnál, az eredmények kiértékelésénél rengeteg olyan eszközt ad a kutatók kezébe, amely nélkül a munkájuk minősége nehezebben állapítható meg. Amikor…

Be kell vallanom, elfogult vagyok. Elfogult vagyok a tudománnyal szemben. Ha meg akarják sérteni, akkor igyekszem a védelmére kelni. Komolyan gondolom, hogy a megismerés jelenleg legjobb módja a tudományos gondolkodás. Ennek egyik pillére a megismételhetőség. A megismételhetőség egy…

Nemegyszer előfordult, hogy biológusok, orvosok tanácsot kértek tőle, hogyan végezzenek el egy bizonyos elemzést. Régebben elmondtam a program nevét, felsoroltam a paramétereket, amikor váratlanul megkérdezték - Tudni fogom, hova kell klikkelni? - Persze. Sehova. Ez egy parancssoros…

A Magyar Bioinformatikai Társaság éves gyűlésén érdekes beszélgetésnek voltam tanúja. Az utánpótlás nevelésről folytatott eszmecsere során a jelenlévők elmesélték, hogy az országban hol, milyen formában oktatnak bioinformatikát.A Pázmány Péter Katolikus Egyetemen például…

Ma tartották a Bioinformatika Magyarországon című előadás sorozatot, ami rövid betekintést nyújtott a hazai kutatóműhelyek elért eredményeibe. A megjelenő kis számú érdeklődő a Tudományos Akadémián a fehérjék vizsgálatától az elméleti matematikáig minden témakörben…

Elérkeztünk kedvenc programcsomagunkat bemutató sorozatunk záró részéhez. Azokból a programokból válogatok, amelyek valamilyen kapcsolatban vannak a grafikus megjelenítéssel.Az Emboss egyik nagyszerű tulajdonsága, hogy a grafikus tartalmat megjelenítheti képernyőn, de elmentheti…

Az idei Benjamin Franklin díjas Heng Li. Röviden tekintsük át, miért is érdemelte meg ezt a díjat.Az újgenerációs szekvenáló gépek kimenetét a legtöbb esetben egy referencia genomhoz kell illeszteni. Az illesztés kimenete egy SAM vagy BAM fájl. Amennyiben ezeket a fájlokat fel…

Sokáig úgy gondoltam, a bioinformatika egyfajta tudományos megváltás. A nehéz és költséges kísérletek zajos eredményeiből a számítógépek, algoritmusok egyfajta letisztult eredményt adnak és olyan összefüggéseket láttatnak meg, amelyeket laboratóriumi munkák…

Az egyik legtöbbet kutatott rákos elváltozás, a mellrák. Két génhez köthető a legtöbb rizikófaktor, a BRCA1 és BRCA2-höz. Az itt előforduló polimorfizmusok tehát rendkívül fontosak a kutatóknak és diagnosztáknak. Nem csoda, ha ezeket a változásokat adatbázisokba gyűjtik. Az…

Korábban megismerkedtünk azokkal az Emboss programokkal, melyek a szekvencia kezelésében segítettek nekünk. Most azt tudjuk meg, mit tehetünk, ha két szekvenciával kell dolgoznunk. Először is készítsünk teszt adatokat a munkánkhoz a makenucseq paranccsal. Hozzunk létre egyetlen 10…

Az ember vizuális típus. Akkor is szereti grafikusan megtekinteni munkája eredményét, ha annak nincs is gyakorlati haszna. Így van ez a bioinformatikában is. Az újgenerációs szekvenálási eredmények grafikus megtekintése időrabló feladat. Az adatok mennyiségét figyelembe véve…

Korábbi posztomban nagyon kifakadtam a leendő bioinformatikus kollégákra. El is határoztam, hogy írok alapozó posztokat. Ez az első. Jöjjön az EMBOSS gyorstalpaló.Az Emboss a bioinformatikai svájci bicska. Minden alapvető műveletre megtalálható benne egy vagy több program. Ebben a…

Ön tudja nyomkodni a Facebookot? Használt már Windowst? Gratulálunk, Ön mától bioinformatikus! Hogyan? Ön úgy érzi, keveset ért semmit a biológiához? Semmi gond, ez nem akadály. A nukleotidokra gondoljon úgy, mint holmi karakterekre a Wordben, ahol csak négy karaktert kell…

Egy érdekes webinart lattám a mai nap. A genetikai variációk detektálásáról és hatásairól szólt, kihegyezve, hogy milyen betegségeket képesek okozni. Három előadó beszélt, az első (Andrew J. Sharp) bemutatta a genetikai variációk detektálásának elméleti hátterét, míg…

A növényi betegségekről nem tudok túl sokat. Úgy is mondhatnám, semmit, ezért beszereztem egy könyvet "Beteg növények biokémiája és élettana" címmel. A könyv 1991-ben jelent meg, ami azt jelenti, hogy a '80-as évek ismereteit foglalta össze. Logikusan tagolva mutatja be…

Az interneten történő kalandozásaim során sok érdekes linket találok. Ezeket ebben a posztban fogom gyűjtögetni. Egy remek prezentáció az újgenerációs szekvenálási módszerekről. StarTrek fanatikusoknak kötelező darab. Bioinformatikai alapozó. Itt nem a biológiát, hanem az…

Nem szívesen dolgozom CLC-vel. Csak akkor indítom el, ha kiosszák feladatban, hogy az adott problémát ezzel kell megoldanom. Azért nem szeretem, mert nem képes vizualizálni az információt. Amit vizualizál, az pedig ronda, nehezen kezelhető.Nemrég viszont megkértek, hogy nézzem meg a…

A klikkelős programokkal az egyik alapvető problémám, hogy csak nagyon ritka esetben nyújtanak segítséget az ismétlődő feladatok leeegyszerűsítésére. Emlékszem, még a win 3.1-ben voltak makrók, amelyekkel több-kevesebb sikerrel lehetett felvételeket készíteni…

A mai nap a de-novo szekvencia összeszerelésről írok egy rövid ismertetőt, nagyon alap szinten, gyakorlati tudnivalókkal.Mért kell?Amikor a tudományos-fantasztikus filmeket nézzük, akkor olyan képet festenek a szekvenálásról, mintha az egy könyv olvasása lenne. Elindulunk az…

Daniel Blankenberg: NGS best practices through Galaxy: Cloudbased variant discovery with visual analyticsEbben az előadásban a Galaxy rendszert ismerhették meg a hallgatók. A program előnye, hogy ingyenes, felhő alapú megoldást nyújt (természetesen az Amazon használatáért fizetni kell).…

A második nap először a posztereket néztem át reggel. A poszter szekció is két részre volt osztva, ezért azokról egy külön részben fogok beszámolni. A mai nap nagy dilemmában voltam, mert több előadásra is szívesen mentem (lógtam) volna, amelyek egy időben voltak. Scott Markel,…

A mai poszt egy bécsi bioinformatikai konferenciáról érkezik. A cég, ahol dolgozom kiállít és előadást tart, én személy szerint poszterrel is jelen vagyok. A bécsi konferencia központban van a rendezvény, ami egy hatalmas épület, felszerelve minden technikával, amivel egy…

Nem tagadom, hogy a mindennapi világ történései alól kivonom magam. Legalábbis megpróbálom. Ezért én csak utólag hallok vulkánkitörésekről, meteorokról, árvízekről, Amerikában tevékenykedő orosz kémekről vagy esetleg járványokról.A mostani eset sem azért jutott…