Az élet kódjai

Több gépünk is van, ami nincs 100%-ban kihasználva, ezért úgy gondoltam, telepítek rájuk Hadoopot. Már csak a HDFS is megérné, hiszen a tárolt adatok így is több gépen vannak össze-vissza, gyakran aszerint, hogy éppen hol van hely. Ha emellett még MapReduce alkalmazásokat is…

Korábban már próbáltam játszani a SOAPdenovoval, de a bináris kivételt dobott még a legegyszerűbb esetben is, a forrást pedig képtelen voltam lefordítani. Ez sokáig frusztrált, mert sorra jelentek meg a publikációk, ahol mindenki vígan használta a programot. Mivel ezeknek a…

Egy projekt kapcsán olyan ismert kisRNS-ek szekvenciájával kellett dolgozni, ami még nincs benne a mirbase-ben. Annyit mondtak, hogy a szekvenciák benne vannak egy cikkben. Tényleg benne voltak. Két oldalon keresztül mentek a táblázat sorai, 90 fokkal elforgatva. Nem szeretek másolni. Ha…

Az első teszt futás felhő-alapú szekvencia meghatározása nem sikerült. A sablon szerű válaszok, amit a támogató csapat küldött azt akarta bemesélni nekünk, hogy bizonyára a könyvtárak jogosultságával lehetett a probléma. Igaz, hogy nem értek a Windowshoz, de azért ez elég furcsa válasz…

Az intézetünkből ketten is csatlakoztak a MinION teszt programhoz. A résztvevők mindegyike kapott egy MinION szekvenáló berendezést tesztelési célból. A kötelező tesztek lefuttatása után a készüléket arra használhatja az ember, amire akarja. Természetesen folyamatos visszajelzéseket és cikkeket…

Az SNP-k és kis indelek megtalálása újgenerációs szekvenálásokban nem egy egyszerű feladat, de számtalan megoldás létezik rá. Van viszont egy olyan rendszer, ahol a hagymányos variació detektaló algoritmusok csődöt mondanak, nevezetesen poolozott minták esetén. De miért is jut…

Nagyon leegyszerűsítve a jelenlegi kisRNS azonosító módszerek első lépése, hogy a szekvenciákat egy referencia genomhoz illesztik és a szekvenciák lefedettségéből következtetnek az expresszióra. A módszer remekül működik, van rá kipróbált program. De mi van akkor, ha nem…

Az IGV-t mindenki úgy ismeri, mint egy rendes háziasszonyt. Nappal elvégzi a napi teendőket: megjeleníti a BAM fájlokat, mutatja a géneket. De éjjel latex ruhát húz, és nem kérhetsz tőle olyat, amit ne teljesítene. Lássuk, mit is van a palettán: 1. Több genomi pozíciót akarok…

A Magyar Bioinformatikai Társaság újabb ülésének célja a proteomika bioinformatika sokszínűségének bemutatása. Az előadások családias hangulatban zajlottak. Számomra meglepő volt, mennyi új arcot láttam. Pongor Sándor: Amiről a baktériumok beszélnek: Kommunikáció és…

A Word dokumentum, olyan, mint egy bonbon. Soha nem tudod, mit találsz benne. (A nem bioinformatikus lelkű olvasóimnak: ahelyett, hogy koordináták szerint adták volna meg az elemezni kívánt szakaszokat, beszínezték nekem.) De nem sikerült kiszúrniuk velem. Az egész 9 oldalas…

Eddig elég sok negatív dolgot írtam a cégekről, pedig egy területen nagyon is az akadémiai szféra előtt járnak, ez pedig az információ rendszerezése. Gondolok itt arra, hogy a futó projektek hol tartanak, kinek, mi van vissza egy feladatból. Az újonan belépőknek dokumentációk…

Az egyik nagy előnye, hogy az ember akadémiai kutatócsoport tagja, hogy hozzáférhet a NIIF szuperszámítógépeihez. A papíron leírt impozáns teljesítmény mutatók azonnal megdobogtatják egy magamfajta felhasználó szívét. Sajnos az örömbe sok üröm is keveredik, ha a tényleges…

Egyik korábbi posztom kicsit félrevezető lehet. Ott azt sugalltam, hogy de-novo szekvencia összeszerelés esetén elég egyetlen programnak megadni a szekvencia darabokat, és az megcsinál mindent, végezetül megkapjuk az összes kromoszóma teljes nukleotid sorrendjét. A helyzet az, hogy…

Nemrég egy olyan fajjal dolgoztam, ahol még nincs referencia genom. Az eredmények érdekében több de-novo metódussal dolgoztunk, többek között a Trinityvel, hogy összeállíthassuk a faj transzkriptómját. Eredményül kaptunk is egy csomó szekvenciát, ami önmagában nem sok segítség…

Bevallom, van valami hipnotikus a körbe rendezett genomi adatok látványában. A genomi átrendeződések kivételével nem hordoznak plusz információt, mégis, ha körbe rendezett kromoszómákat nézek, úgy érzem, sokkal tudományosabb munkát látok. A program, amivel mindezt elő lehet…

A cufflinks egy remek program, hogy a szekvenálásokból megállapítsuk, melyek lehetnek a kódoló régiók. Sajnos a program több, egymással összefüggő táblázatot generál, aminek a feldolgozása nem egyszerű feladat. Szerencsére az R programcsomag ismét a segítségünkre siet. A…

Kezdő bioinformatikai ismeretterjesztő posztjaimat ott hagytam abba, hogy bemutattam az Emboss programcsomagot. A programok viszont nem érnek semmit, ha nincs adat, amin fussanak, ezért most az adatbázisokról tartok egy rövid ismertetőt. A klasszikus felosztást (elsődleges és másodlagos…

Régen a bioinformatikai programok nagy részét kézzel fordítottam és természetesnek vettem, hogy meg kell küzdeni a forráskóddal. Amióta Ubuntut használok és a csomagkezelőből az általam használt programok nagy többsége elérhető, leszoktam a fordításokról. A napokban viszont…

Mi az UEA? A mikroRNS-ek feldolgozásához a Kelet Angliai Egyetem néhány munkatársa készített egy programot UEA Small RNA Workbench néven. Az ötlet maga igen egyszerű. Fogták a jól ismert parancssoros feldolgozó programokat és összegyúrták egy klikkelős alkalmazássá. Nézzük,…

Ebben a posztban röviden összefoglalom, milyen lehetőségei vannak egy bioinformatikusnak Magyarországon. Először 2007 végén kerestem állást, és meg kell mondanom, nem volt túl sok. Egyszerűbb volt elmennem programozónak, annak ellenére, hogy nem volt szakirányú…

A CNV (copy number variation) olyan variációk, ahol az egyének közötti különbséget az adja, hogy egy szekvencia régióból hány darab található a genomjában. Az újgenerációs szekvenálások segítségével ezen ismétlődések számát nehéz meghatározni, mert a megszekvenált…

Kapitány Kristóf: Objektum struktúra nagyfelbontású röntgenfelvételekbőlGyantába ágyazott agymintákat szeleteltek vékony rétegekre. Megfestették a vérereket, majd az egyes rétegekből megpróbálták rekonstruálni az érhálózatot 3D-ben. A kihívás többek között a zaj…

Az idei MaBIT szokás szerint családias hangulatban telt. A seregszemle első napján a következő előadások voltak hallhatóak: Patthy László: A genomkorszak bioinformatikája. Frontvonalak és utóvédek. A genomok a bioinformatika fejlődésének motorjai. Előtte a bioinformatika…

A SAM a rövid szekvencia illesztések legelterjedtebb fájltípusa. Egyszerűségét az adja, hogy minden egyes sor egy szekvenciát jelent, valamint tabulátorral elválasztott oszlopai vannak. Akár egy egyszerű awk szkripttel is feldolgozhatjuk őket. Hátrányuk, hogy szöveges fájlok…

Kicsit késve itt a harmadik nap összefoglalója: A harmadik nap a Tavaxy megismerésével kezdődött. Ha azt mondom, hogy ez is egy munkafolyamat tervező alkalmazás, az olvasónak talán beugranak ilyen nevek, mint Taverna, vagy Galaxy. Ez a két program előnyeit egyesítő harmadik program.…